{"id":2913,"date":"2026-10-14T18:00:55","date_gmt":"2026-10-14T18:00:55","guid":{"rendered":"http:\/\/french.arabpsychology.com\/statistics\/comment-enregistrer-plusieurs-graphiques-dans-un-pdf-avec-r\/"},"modified":"2026-10-14T18:00:55","modified_gmt":"2026-10-14T18:00:55","slug":"comment-enregistrer-plusieurs-graphiques-dans-un-pdf-avec-r","status":"publish","type":"psych_stat","link":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/?psych_stat=comment-enregistrer-plusieurs-graphiques-dans-un-pdf-avec-r","title":{"rendered":"Comment enregistrer plusieurs graphiques dans un PDF avec R"},"content":{"rendered":"

La visualisation de donn\u00e9es constitue un pilier fondamental de la d\u00e9marche scientifique contemporaine, particuli\u00e8rement au sein des sciences du comportement, des neurosciences cognitives et de la psychom\u00e9trie. Dans ces disciplines o\u00f9 les protocoles exp\u00e9rimentaux g\u00e9n\u00e8rent des volumes consid\u00e9rables d’informations multidimensionnelles, la capacit\u00e9 d’agr\u00e9ger, de structurer et d’exporter des repr\u00e9sentations graphiques complexes conditionne directement l’intelligibilit\u00e9 des r\u00e9sultats et leur reproductibilit\u00e9. L’environnement statistique R<\/a> s’est impos\u00e9 comme une r\u00e9f\u00e9rence internationale pour le traitement quantitatif, notamment gr\u00e2ce \u00e0 son architecture modulaire et \u00e0 sa gestion native des p\u00e9riph\u00e9riques graphiques vectoriels de haute pr\u00e9cision.<\/p>\n

Cependant, le passage d’une exploration visuelle interactive sur \u00e9cran \u00e0 la constitution d’un document \u00e9ditable ou publiable sous la forme d’un recueil documentaire structur\u00e9 repr\u00e9sente un d\u00e9fi technique r\u00e9current pour les chercheurs. La g\u00e9n\u00e9ration automatis\u00e9e de documents au format PDF (Portable Document Format<\/em>) contenant plusieurs dizaines, voire plusieurs centaines de visualisations, exige une compr\u00e9hension approfondie des m\u00e9canismes sous-jacents d’interception de flux de donn\u00e9es graphiques. Qu’il s’agisse de compiler une s\u00e9rie d’analyses factorielles confirmatoires, d’\u00e9diter les profils psychologiques individuels d’une cohorte clinique ou de synth\u00e9tiser des chroniques temporelles physiologiques, la ma\u00eetrise de l’exportation multipage constitue une comp\u00e9tence m\u00e9thodologique indispensable.<\/p>\n

Cet article propose une exploration exhaustive des paradigmes d’exportation graphique en PDF sous R. Nous analyserons les fondements m\u00e9caniques de la fonction native pdf()<\/code>, l’organisation spatiale via les param\u00e8tres graphiques de base, les approches g\u00e9om\u00e9triques avanc\u00e9es, ainsi que l’int\u00e9gration fluide des \u00e9cosyst\u00e8mes modernes tels que ggplot2<\/code>, gridExtra<\/code> et patchwork<\/code>. Les aspects li\u00e9s \u00e0 l’optimisation typographique, \u00e0 la gestion robuste des erreurs et \u00e0 l’inscription de ces pratiques dans le cadre de la science ouverte et des principes FAIR seront rigoureusement d\u00e9taill\u00e9s afin d’offrir une r\u00e9f\u00e9rence technique compl\u00e8te pour la recherche empirique.<\/p>\n

1. Introduction aux p\u00e9riph\u00e9riques graphiques dans l’environnement R pour la recherche empirique<\/h2>\n

1.1 R\u00f4le des p\u00e9riph\u00e9riques graphiques dans la cha\u00eene de traitement statistique<\/h3>\n

Dans l’architecture du langage R, la production d’une image repose sur un concept fondamental nomm\u00e9 \u00ab p\u00e9riph\u00e9rique graphique \u00bb (graphical device<\/em>). Contrairement \u00e0 une id\u00e9e r\u00e9pandue chez les utilisateurs d\u00e9butants, une commande de trac\u00e9 telle que plot()<\/code> ou hist()<\/code> ne produit pas directement un fichier image sur le disque dur, ni m\u00eame une simple matrice de pixels affich\u00e9e \u00e0 l’\u00e9cran. Elle \u00e9met des primitives de dessin abstraites (lignes, points, polygones, coordonn\u00e9es de texte) transmises au p\u00e9riph\u00e9rique graphique actif \u00e0 cet instant pr\u00e9cis. Si aucun p\u00e9riph\u00e9rique particulier n’a \u00e9t\u00e9 explicitement ouvert par l’utilisateur, l’interpr\u00e9teur R initialise par d\u00e9faut une fen\u00eatre interactive d’affichage \u00e0 l’\u00e9cran (windows()<\/code> sur le syst\u00e8me d’exploitation Microsoft Windows, quartz()<\/code> sous macOS, ou x11()<\/code> sous les distributions Linux et Unix).<\/p>\n

Cette s\u00e9paration conceptuelle stricte entre l’algorithme de g\u00e9n\u00e9ration de la figure et le r\u00e9cepteur physique ou logique du trac\u00e9 offre une flexibilit\u00e9 remarquable, mais introduit une complexit\u00e9 op\u00e9rationnelle majeure lors du passage \u00e0 la production documentaire. Dans le cadre de la recherche empirique en psychologie cognitive et comportementale, o\u00f9 la validit\u00e9 \u00e9cologique et la pr\u00e9cision des mesures sont minutieusement scrut\u00e9es, la reproductibilit\u00e9 graphique s’\u00e9rige en imp\u00e9ratif m\u00e9thodologique. Un graphique visualis\u00e9 sur un \u00e9cran d’ordinateur d\u00e9pend \u00e9troitement de la r\u00e9solution mat\u00e9rielle de la dalle d’affichage, des pilotes vid\u00e9o sous-jacents et des dimensions arbitraires de la fen\u00eatre active. Une simple modification manuelle de la taille de la fen\u00eatre graphique interactive alt\u00e8re instantan\u00e9ment les proportions relatives, le positionnement des \u00e9tiquettes textuelles et le calcul des marges internes.<\/p>\n

Pour garantir une reproductibilit\u00e9 absolue et p\u00e9renne \u00e0 travers le temps et les plateformes mat\u00e9rielles, les chercheurs doivent substituer aux p\u00e9riph\u00e9riques d’affichage interactifs des p\u00e9riph\u00e9riques de stockage sur disque orient\u00e9s vers des formats vectoriels normalis\u00e9s. Le format PDF (d\u00e9fini par la norme internationale ISO 32000) pr\u00e9sente des avantages intrins\u00e8ques incomparables pour l’\u00e9dition scientifique et la publication d’analyses psychom\u00e9triques. Contrairement aux formats matriciels ou raster (tels que le PNG, le JPEG ou le TIFF) qui reposent sur une grille finie de pixels dont la densit\u00e9 par pouce (DPI) limite la nettet\u00e9 lors des agrandissements, le format PDF encapsule des descriptions math\u00e9matiques vectorielles issues du langage PostScript. Les points, les segments de r\u00e9gression, les ellipses de confiance et les glyphes typographiques conservent une nettet\u00e9 absolue \u00e0 n’importe quel niveau de zoom, sans aucune pixellisation.<\/p>\n

La fonction native pdf()<\/code> incarne la porte d’entr\u00e9e de cette m\u00e9canique d’interception de flux dans le noyau de R. Lorsqu’elle est invoqu\u00e9e, elle signale \u00e0 l’environnement d’ex\u00e9cution que toutes les commandes graphiques subs\u00e9quentes ne devront plus \u00eatre rendues sur l’\u00e9cran de travail, mais s\u00e9rialis\u00e9es au sein d’un flux binaire conforme aux sp\u00e9cifications du format PDF et orient\u00e9 vers un fichier cible. Cette redirection demeure active jusqu’\u00e0 ce que l’utilisateur ou le script ordonne explicitement la cl\u00f4ture du p\u00e9riph\u00e9rique, mat\u00e9rialisant ainsi la fin de la capture et l’\u00e9criture d\u00e9finitive des m\u00e9tadonn\u00e9es du document sur le support de stockage.<\/p>\n

1.2 Typologie des besoins d’exportation de visualisations multiples<\/h3>\n

La n\u00e9cessit\u00e9 d’exporter plusieurs graphiques au sein d’un document PDF unique d\u00e9coule directement de la complexification des protocoles exp\u00e9rimentaux contemporains. Dans les \u00e9tudes psychologiques quantitatives, les chercheurs ne se contentent plus d’une simple figure illustrant un effet principal univari\u00e9. La restitution fid\u00e8le des dynamiques comportementales impose des architectures visuelles denses et structur\u00e9es, que l’on peut classer en trois grandes typologies fonctionnelles.<\/p>\n

La premi\u00e8re typologie concerne le regroupement de batteries de tests psychologiques sur une planche graphique unique ou un nombre restreint de feuillets synth\u00e9tiques. Lorsqu’une \u00e9quipe \u00e9value les fonctions ex\u00e9cutives d’un ensemble de participants au moyen d’\u00e9preuves standardis\u00e9es (telles que le test de Stroop, la t\u00e2che de Wisconsin, le trail making test et l’empan mn\u00e9sique de chiffres), l’analyse clinique requiert une vue synoptique imm\u00e9diate. Pr\u00e9senter les distributions des temps de r\u00e9action, les taux d’erreur, les indices de discriminabilit\u00e9 et les scores standardis\u00e9s z sur une m\u00eame feuille permet de d\u00e9tecter d’un coup d’\u0153il les profils atypiques ou les effets de plancher et de plafond qui \u00e9chapperaient \u00e0 une inspection tabulaire isol\u00e9e.<\/p>\n

La deuxi\u00e8me typologie r\u00e9pond \u00e0 la compilation longitudinale de s\u00e9ries temporelles sous la forme d’un recueil multipage exhaustif. Dans les protocoles d’\u00e9chantillonnage de l’exp\u00e9rience (Experience Sampling Method<\/em> ou ESM), en \u00e9cologie momentan\u00e9e de l’\u00e9valuation (EMA) ou lors du suivi psychophysiologique continu (par exemple, la variabilit\u00e9 de la fr\u00e9quence cardiaque et la conductance cutan\u00e9e au cours d’une th\u00e9rapie cognitivo-comportementale), les donn\u00e9es sont collect\u00e9es \u00e0 des fr\u00e9quences \u00e9lev\u00e9es sur des semaines enti\u00e8res. Exporter un fichier PDF de plusieurs dizaines de pages, o\u00f9 chaque page correspond rigoureusement \u00e0 une journ\u00e9e d’enregistrement ou \u00e0 une phase exp\u00e9rimentale sp\u00e9cifique, offre un support de diagnostic et d’archive standardis\u00e9 indispensable \u00e0 la triangulation clinique.<\/p>\n

Enfin, la troisi\u00e8me typologie rel\u00e8ve de la comparaison inter-individuelle et de la stratification par sous-groupes cliniques au moyen de grilles visuelles normalis\u00e9es. Lorsque l’on explore l’h\u00e9t\u00e9rog\u00e9n\u00e9it\u00e9 d’un trouble neuropsychiatrique au sein d’une cohorte importante, la comparaison des courbes de croissance latente ou des r\u00e9seaux de connectivit\u00e9 psychom\u00e9trique implique d’isoler visuellement chaque sous-groupe (t\u00e9moins sains, patients diagnostiqu\u00e9s, fratries non atteintes) selon des \u00e9chelles d’axes strictement invariantes. L’enregistrement syst\u00e9matique de ces visualisations multiples dans un fichier PDF unique garantit que l’ensemble des figures partage exactement les m\u00eames sp\u00e9cifications dimensionnelles, assurant ainsi une comparabilit\u00e9 visuelle d’une rigueur absolue exempte de biais de mise \u00e0 l’\u00e9chelle.<\/p>\n

2. M\u00e9canique fondamentale de la fonction pdf() et gestion des p\u00e9riph\u00e9riques<\/h2>\n

2.1 Syntaxe de base et initialisation du flux de sortie<\/h3>\n

L’ouverture d’un p\u00e9riph\u00e9rique d’\u00e9criture vectorielle s’op\u00e8re via la fonction pdf()<\/code>, int\u00e9gr\u00e9e au paquet de base grDevices<\/code> pr\u00e9sent dans toute installation standard de R. Sa signature formelle comprend plusieurs arguments cruciaux qui conditionnent la structure physique et logique du fichier r\u00e9sultant. La syntaxe canonique s’articule autour des param\u00e8tres file<\/code> (ou file<\/code> sous certaines versions r\u00e9centes), width<\/code>, height<\/code>, et onefile<\/code>.<\/p>\n

L’argument file<\/code> sp\u00e9cifie la cha\u00eene de caract\u00e8res d\u00e9signant le chemin d’acc\u00e8s vers le fichier \u00e0 cr\u00e9er sur le syst\u00e8me de fichiers h\u00f4te. Il est fortement recommand\u00e9 d’adopter des normes d’\u00e9criture multiplateformes rigoureuses en privil\u00e9giant des chemins relatifs ancr\u00e9s dans la racine du projet d’analyse, ou en exploitant la fonction file.path()<\/code> pour composer les arborescences. L’utilisation de barres obliques simples (\/<\/code>) doit \u00eatre syst\u00e9matiquement pr\u00e9f\u00e9r\u00e9e aux contre-obliques de l’environnement Windows (<\/code>), ces derni\u00e8res constituant des caract\u00e8res d’\u00e9chappement au sein des cha\u00eenes litt\u00e9rales de R et constituant une source fr\u00e9quente d’anomalies d’ex\u00e9cution lors du transfert de scripts entre chercheurs.<\/p>\n

Les dimensions g\u00e9om\u00e9triques du canevas sont r\u00e9gies par les arguments width<\/code> et height<\/code>, dont la valeur par d\u00e9faut est fix\u00e9e \u00e0 7 pouces (soit environ 17,78 centim\u00e8tres). Il importe de souligner avec force que, par convention historique dans l’\u00e9cosyst\u00e8me R, ces mesures s’expriment toujours en pouces physiques et non en pixels ou en centim\u00e8tres. La modification de ces param\u00e8tres n’affecte pas la r\u00e9solution du trac\u00e9 \u2014 le format PDF \u00e9tant vectoriel et d\u00e9pourvu de trame matricielle intrins\u00e8que \u2014, mais d\u00e9termine le ratio d’aspect de la page et la taille relative des \u00e9l\u00e9ments graphiques (\u00e9tiquettes, marges, \u00e9paisseur des traits) par rapport \u00e0 la surface disponible.<\/p>\n

L’argument bool\u00e9en onefile<\/code> rev\u00eat une importance structurelle d\u00e9terminante pour la probl\u00e9matique de l’exportation multiple. Par d\u00e9faut, sa valeur est fix\u00e9e \u00e0 TRUE<\/code>. Dans cette configuration nominale, le p\u00e9riph\u00e9rique PDF est initialis\u00e9 pour accumuler s\u00e9quentiellement l’ensemble des commandes graphiques successives au sein d’un document unique structur\u00e9 en plusieurs pages. Chaque nouvelle invocation d’une fonction de trac\u00e9 de haut niveau (comme plot()<\/code>) d\u00e9clenche l’instanciation d’une page additionnelle dans le m\u00eame fichier. \u00c0 l’inverse, si l’utilisateur assigne la valeur FALSE<\/code> \u00e0 l’argument onefile<\/code>, le p\u00e9riph\u00e9rique s’attend \u00e0 g\u00e9n\u00e9rer des fichiers distincts pour chaque trac\u00e9 \u00e9mis. Dans ce cas particulier, l’argument file<\/code> doit imp\u00e9rativement comporter un sp\u00e9cificateur de format de type langage C (par exemple \"figure_%03d.pdf\"<\/code>) sous peine de voir chaque nouveau graphique \u00e9craser purement et simplement le pr\u00e9c\u00e9dent, le syst\u00e8me d’exploitation ne conservant alors que la derni\u00e8re figure g\u00e9n\u00e9r\u00e9e avant la fermeture du flux.<\/p>\n

Concernant le comportement du syst\u00e8me de fichiers, l’ouverture d’un p\u00e9riph\u00e9rique via pdf(\"resultats.pdf\")<\/code> \u00e9crase sans avertissement pr\u00e9alable tout fichier pr\u00e9existant portant le m\u00eame nom dans le r\u00e9pertoire cible, sous r\u00e9serve que ce fichier ne soit pas verrouill\u00e9 en lecture ou en \u00e9criture par une application tierce (telle qu’Adobe Acrobat Reader sur Windows). Si le fichier cible est d\u00e9j\u00e0 ouvert et verrouill\u00e9 dans un logiciel visualiseur externe, R interrompra brutalement l’ex\u00e9cution en renvoyant une erreur fatale d’impossibilit\u00e9 d’ouverture de flux, ce qui souligne la n\u00e9cessit\u00e9 de fermer syst\u00e9matiquement les documents PDF avant de r\u00e9ex\u00e9cuter les pipelines d’analyse.<\/p>\n

2.2 Fermeture et lib\u00e9ration de la m\u00e9moire tampon avec dev.off()<\/h3>\n

L’architecture du syst\u00e8me de gestion des p\u00e9riph\u00e9riques de R repose sur un m\u00e9canisme de mise en m\u00e9moire tampon (buffering<\/em>). Lorsque des commandes de dessin sont interpr\u00e9t\u00e9es apr\u00e8s l’appel de pdf()<\/code>, les flux de donn\u00e9es d\u00e9crivant les op\u00e9rateurs vectoriels ne sont pas imm\u00e9diatement \u00e9crits de mani\u00e8re d\u00e9finitive et herm\u00e9tique sur le disque dur. Le moteur graphique compile les structures de donn\u00e9es en m\u00e9moire vive et pr\u00e9pare l’arborescence des objets PostScript et PDF, notamment le dictionnaire des pages, les ressources typographiques et les tables de renvoi crois\u00e9 (cross-reference tables<\/em> ou xref) qui constituent la colonne vert\u00e9brale de l’architecture d’un document PDF standard.<\/p>\n

Pour que ces donn\u00e9es soient physiquement purg\u00e9es vers le disque, que la table d’indexation finale soit appos\u00e9e et que le fichier binaire soit clos et valid\u00e9 conform\u00e9ment aux normes ISO, l’appel de la fonction dev.off()<\/code> est une obligation technique absolue. Omettre d’appeler dev.off()<\/code> laisse le fichier PDF dans un \u00e9tat transitoire corrompu, d\u00e9pourvu de sa signature finale %%EOF<\/code> (End-Of-File<\/em>). Toute tentative d’ouverture d’un tel document inachev\u00e9 dans un lecteur externe se soldera par un message d’erreur signalant que le fichier est endommag\u00e9 ou illisible.<\/p>\n

Au-del\u00e0 de la simple finalisation de l’\u00e9criture, dev.off()<\/code> g\u00e8re la pile interne des p\u00e9riph\u00e9riques actifs de R. L’interpr\u00e9teur maintient en permanence une liste cha\u00een\u00e9e des contextes graphiques ouverts, accessible en lecture via la fonction dev.list()<\/code>. Le p\u00e9riph\u00e9rique actif sur lequel op\u00e8rent actuellement les trac\u00e9s est identifi\u00e9 par dev.cur()<\/code>. Le p\u00e9riph\u00e9rique d’affichage nul (null device<\/em>), qui repr\u00e9sente l’absence totale de p\u00e9riph\u00e9rique ouvert, porte toujours l’index entier 1. D\u00e8s lors qu’un fichier PDF est initialis\u00e9, il se voit attribuer un num\u00e9ro d’identification sup\u00e9rieur ou \u00e9gal \u00e0 2.<\/p>\n

L’invocation de dev.off()<\/code> a pour effet de d\u00e9truire le p\u00e9riph\u00e9rique graphique actif, d’\u00e9crire son contenu, de lib\u00e9rer les structures allou\u00e9es en m\u00e9moire vive, et de basculer automatiquement le statut de p\u00e9riph\u00e9rique actif sur le p\u00e9riph\u00e9rique pr\u00e9c\u00e9dent dans la pile (ou de revenir au p\u00e9riph\u00e9rique nul si aucun autre n’est ouvert). La ma\u00eetrise de cette pile est indispensable pour concevoir des scripts d’exportation automatis\u00e9s robustes, \u00e9vitant que des graphiques destin\u00e9s \u00e0 un rapport PDF ne viennent malencontreusement s’imprimer sur un p\u00e9riph\u00e9rique \u00e9cran rest\u00e9 ouvert en arri\u00e8re-plan.<\/p>\n

3. Organisation de graphiques multiples sur une seule page via les param\u00e8tres mfrow et mfcol<\/h2>\n

3.1 Configuration matricielle avec la fonction par()<\/h3>\n

Lorsqu’il s’agit de juxtaposer plusieurs figures sur un feuillet unique au sein du document PDF, l’approche la plus directe et la plus \u00e9prouv\u00e9e repose sur la manipulation des param\u00e8tres graphiques globaux via la fonction par()<\/code>. Historiquement int\u00e9gr\u00e9e au moteur graphique de base de R, cette fonction permet de contr\u00f4ler avec une pr\u00e9cision microscopique la totalit\u00e9 de l’environnement de rendu.<\/p>\n

La subdivision spatiale du canevas en une grille r\u00e9guli\u00e8re s’effectue au moyen des vecteurs de dimensionnement mfrow<\/code> (multi-frame row-wise<\/em>) et mfcol<\/code> (multi-frame column-wise<\/em>). Ces deux param\u00e8tres attendent en argument un vecteur de deux entiers de la forme c(lignes, colonnes)<\/code>, d\u00e9limitant ainsi une matrice orthogonale de sous-cellules graphiques ind\u00e9pendantes. La diff\u00e9rence entre ces deux r\u00e9glages est exclusivement op\u00e9rationnelle et concerne l’ordre de remplissage des cellules lors de l’ex\u00e9cution s\u00e9quentielle des commandes de trac\u00e9 :<\/p>\n