{"id":2104,"date":"2026-09-06T11:58:48","date_gmt":"2026-09-06T11:58:48","guid":{"rendered":"http:\/\/french.arabpsychology.com\/statistics\/comment-realiser-test-rangs-signes-wilcoxon-dans-r\/"},"modified":"2026-09-06T11:58:49","modified_gmt":"2026-09-06T11:58:49","slug":"comment-realiser-test-rangs-signes-wilcoxon-dans-r","status":"publish","type":"psych_stat","link":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/?psych_stat=comment-realiser-test-rangs-signes-wilcoxon-dans-r","title":{"rendered":"Comment r\u00e9aliser le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon dans R"},"content":{"rendered":"<p>L&rsquo;\u00e9valuation rigoureuse des changements intra-individuels constitue l&rsquo;un des piliers m\u00e9thodologiques fondamentaux des sciences quantitatives contemporaines, qu&rsquo;il s&rsquo;agisse de la biom\u00e9decine, de l&rsquo;\u00e9pid\u00e9miologie, de l&rsquo;\u00e9conomie exp\u00e9rimentale ou de la psychom\u00e9trie. Dans les protocoles longitudinaux ou quasi-exp\u00e9rimentaux \u00e0 mesures r\u00e9p\u00e9t\u00e9es, la comparaison d&rsquo;un m\u00eame groupe d&rsquo;individus avant et apr\u00e8s une intervention clinique ou pharmacologique impose l&rsquo;utilisation d&rsquo;outils statistiques capables d&rsquo;isoler l&rsquo;effet du traitement de la variabilit\u00e9 interindividuelle inh\u00e9rente aux sujets. Traditionnellement, le r\u00e9flexe analytique consiste \u00e0 mobiliser le test <em>t<\/em> de Student pour \u00e9chantillons appari\u00e9s. N\u00e9anmoins, ce dernier repose sur des postulats param\u00e9triques exigeants, en particulier l&rsquo;hypoth\u00e8se selon laquelle la distribution des diff\u00e9rences individuelles suit rigoureusement une loi normale au sein de la population parente.<\/p>\n<p>Lorsque les donn\u00e9es collect\u00e9es pr\u00e9sentent des asym\u00e9tries prononc\u00e9es, des queues de distribution \u00e9paisses, une contamination par des valeurs aberrantes ou lorsqu&rsquo;elles d\u00e9rivent d&rsquo;\u00e9chelles ordinales (telles que les \u00e9chelles d&rsquo;\u00e9valuation de Likert fr\u00e9quemment d\u00e9ploy\u00e9es en sciences sociales), les hypoth\u00e8ses du mod\u00e8le lin\u00e9aire gaussien s&rsquo;effondrent. L&rsquo;application d&rsquo;un test param\u00e9trique dans ces conditions fausse le taux d&rsquo;erreur de type I et d\u00e9grade substantiellement la puissance statistique, conduisant le chercheur soit \u00e0 des conclusions faussement positives, soit \u00e0 l&rsquo;incapacit\u00e9 de d\u00e9tecter un effet clinique pourtant r\u00e9el. C&rsquo;est dans ce contexte m\u00e9thodologique critique que s&rsquo;impose le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon, proc\u00e9dure d&rsquo;inf\u00e9rence non param\u00e9trique d&rsquo;une puissance et d&rsquo;une r\u00e9silience remarquables.<\/p>\n<p>Le pr\u00e9sent guide propose une monographie exhaustive d\u00e9di\u00e9e \u00e0 l&rsquo;apprentissage, \u00e0 l&rsquo;ex\u00e9cution et \u00e0 l&rsquo;interpr\u00e9tation avanc\u00e9e du test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon au sein de l&rsquo;environnement de programmation statistique R. \u00c0 travers une d\u00e9marche alliant rigueur th\u00e9orique, formulations math\u00e9matiques explicites, d\u00e9constructions algorithmiques et recommandations de publication conformes aux standards acad\u00e9miques internationaux les plus stricts, cet ouvrage accompagnera le praticien et le chercheur depuis les fondements conceptuels de l&rsquo;analyse non param\u00e9trique jusqu&rsquo;\u00e0 la mod\u00e9lisation avanc\u00e9e et la visualisation graphique pr\u00eate pour publication.<\/p>\n<h2>1. Fondements th\u00e9oriques et math\u00e9matiques du test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon<\/h2>\n<h3>1.1 Origine et nature non param\u00e9trique du test<\/h3>\n<p>Le test des rangs sign\u00e9s a \u00e9t\u00e9 introduit en 1945 par le chimiste et statisticien am\u00e9ricain <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Frank_Wilcoxon\">Frank Wilcoxon<\/a> dans un article fondateur intitul\u00e9 <em>Individual Comparisons by Ranking Methods<\/em>, publi\u00e9 dans le <em>Biometrics Bulletin<\/em>. \u00c0 cette \u00e9poque, la pratique de l&rsquo;inf\u00e9rence statistique \u00e9tait presque exclusivement domin\u00e9e par les travaux de Ronald Fisher, Karl Pearson et William Sealy Gosset (Student), qui pr\u00e9supposaient tous que les variables observ\u00e9es d\u00e9coulaient d&rsquo;une distribution gaussienne continue th\u00e9orique. Wilcoxon a cherch\u00e9 \u00e0 concevoir une proc\u00e9dure math\u00e9matique simple et rapide, capable de s&rsquo;affranchir de cette contrainte distributionnelle tout en conservant une puissance statistique comparable \u00e0 celle du test <em>t<\/em> de Student.<\/p>\n<p>Le principe fondamental du test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon repose sur la substitution des grandeurs num\u00e9riques m\u00e9triques brutes par des rangs ordinaux attribu\u00e9s aux diff\u00e9rences absolues observ\u00e9es entre des paires d&rsquo;\u00e9chantillons d\u00e9pendants. Contrairement aux tests purement qualitatifs ou au test des signes \u00e9l\u00e9mentaire qui ne retient que l&rsquo;orientation directionnelle (positive ou n\u00e9gative) du changement, la proc\u00e9dure de Wilcoxon int\u00e8gre simultan\u00e9ment le signe de la diff\u00e9rence et sa magnitude relative par rapport \u00e0 l&rsquo;ensemble des autres \u00e9carts observ\u00e9s dans l&rsquo;\u00e9chantillon. Ainsi, une diff\u00e9rence de grande amplitude recevra un rang \u00e9lev\u00e9, tandis qu&rsquo;une variation minime se verra assigner un rang modeste, garantissant que les changements substantiels p\u00e8sent davantage dans la d\u00e9cision statistique finale.<\/p>\n<p>Cette approche induit une distinction conceptuelle majeure entre la comparaison classique des moyennes arithm\u00e9tiques et la comparaison des distributions m\u00e9dianes. Alors que la moyenne param\u00e9trique est hyper-sensible aux valeurs marginales, la statistique de rang est invariante face \u00e0 toute transformation monotone croissante des \u00e9carts. Elle ne requiert aucun postulat m\u00e9trique strict sur l&rsquo;intervalle s\u00e9parant deux unit\u00e9s de mesure cons\u00e9cutives, conf\u00e9rant au test des rangs sign\u00e9s le statut de test non param\u00e9trique par excellence pour les donn\u00e9es continues asym\u00e9triques ou les variables d&rsquo;intervalles approximatives issues des sciences du comportement.<\/p>\n<h3>1.2 Formulation math\u00e9matique de la statistique de test<\/h3>\n<p>Consid\u00e9rons un \u00e9chantillon compos\u00e9 de <em>n<\/em> paires d&rsquo;observations appari\u00e9es not\u00e9es (x<sub>i,post<\/sub>, x<sub>i,pre<\/sub>) pour chaque individu <em>i<\/em> variant de 1 \u00e0 <em>n<\/em>. La premi\u00e8re \u00e9tape analytique consiste \u00e0 calculer les \u00e9carts individuels bruts, d\u00e9finis formellement par l&rsquo;\u00e9quation :<\/p>\n<p>d<sub>i<\/sub> = x<sub>i,post<\/sub> &#8211; x<sub>i,pre<\/sub><\/p>\n<p>Dans la formulation originale de Wilcoxon, les observations pour lesquelles la diff\u00e9rence est strictement nulle (d<sub>i<\/sub> = 0), correspondant \u00e0 une absence absolue de changement entre les deux conditions de mesure, sont syst\u00e9matiquement exclues de l&rsquo;analyse inf\u00e9rentielle. La taille effective de l&rsquo;\u00e9chantillon est alors r\u00e9duite \u00e0 <em>n&rsquo;<\/em>, o\u00f9 <em>n&rsquo;<\/em> repr\u00e9sente le nombre de paires non nulles. Les valeurs absolues de ces \u00e9carts r\u00e9siduels, not\u00e9es |d<sub>i<\/sub>|, sont ensuite ordonn\u00e9es par ordre croissant, de la plus petite \u00e0 la plus grande magnitude :<\/p>\n<p>|d|<sub>(1)<\/sub> &le; |d|<sub>(2)<\/sub> &le; &#8230; &le; |d|<sub>(n&rsquo;)<\/sub><\/p>\n<p>Un rang num\u00e9rique entier allant de 1 \u00e0 <em>n&rsquo;<\/em> est assign\u00e9 \u00e0 chacune de ces valeurs absolues. Si deux ou plusieurs valeurs absolues sont strictement identiques, on leur attribue un rang moyen correspondant \u00e0 la moyenne arithm\u00e9tique des rangs qu&rsquo;elles auraient occup\u00e9s en l&rsquo;absence d&rsquo;ex &aelig;quo. \u00c0 l&rsquo;issue de cette phase de classement, chaque rang R<sub>i<\/sub> se voit r\u00e9assigner le signe alg\u00e9brique de l&rsquo;\u00e9cart initial dont il est issu, d\u00e9fini par la fonction indicatrice du signe de d<sub>i<\/sub>.<\/p>\n<p>La statistique de test peut alors \u00eatre formul\u00e9e \u00e0 partir de deux composantes distinctes : la somme des rangs associ\u00e9s aux diff\u00e9rences strictement positives (W<sup>+<\/sup>) et la somme des rangs associ\u00e9s aux diff\u00e9rences strictement n\u00e9gatives (W<sup>&#8211;<\/sup>). Math\u00e9matiquement, ces sommes s&rsquo;expriment selon les formulations suivantes :<\/p>\n<p>W<sup>+<\/sup> = &sum;<sub>i : d<sub>i<\/sub> &gt; 0<\/sub> R<sub>i<\/sub><\/p>\n<p>W<sup>&#8211;<\/sup> = &sum;<sub>i : d<sub>i<\/sub> &lt; 0<\/sub> R<sub>i<\/sub><\/p>\n<p>Puisque la somme totale des rangs de 1 \u00e0 <em>n&rsquo;<\/em> est une quantit\u00e9 arithm\u00e9tique invariante \u00e9gale \u00e0 n'(n&rsquo; + 1) \/ 2, la connaissance de W<sup>+<\/sup> d\u00e9termine de fa\u00e7on univoque W<sup>&#8211;<\/sup> par la relation W<sup>&#8211;<\/sup> = [n'(n&rsquo; + 1) \/ 2] &#8211; W<sup>+<\/sup>. La statistique de Wilcoxon, traditionnellement not\u00e9e <em>T<\/em> ou <em>W<\/em> dans la litt\u00e9rature statistique, correspond selon les conventions soit au minimum de ces deux sommes pour un test bilat\u00e9ral (min(W<sup>+<\/sup>, W<sup>&#8211;<\/sup>)), soit directement \u00e0 la somme des rangs positifs W<sup>+<\/sup>, convention adopt\u00e9e par d\u00e9faut dans l&rsquo;impl\u00e9mentation algorithmique de la fonction de base du logiciel R.<\/p>\n<h3>1.3 Distribution exacte versus approximation normale asymptotique<\/h3>\n<p>Lorsque la taille de l&rsquo;\u00e9chantillon appari\u00e9 demeure modeste, typiquement pour <em>n&rsquo;<\/em> inf\u00e9rieur ou \u00e9gal \u00e0 20, le recours \u00e0 une loi de probabilit\u00e9 continue th\u00e9orique pour \u00e9valuer la significativit\u00e9 statistique s&rsquo;av\u00e8re inappropri\u00e9. Dans cette configuration, la distribution d&rsquo;\u00e9chantillonnage de la statistique <em>W<\/em> sous l&rsquo;hypoth\u00e8se nulle d&rsquo;\u00e9galit\u00e9 distributionnelle est purement discr\u00e8te et combinatoire. Sous H<sub>0<\/sub>, chaque diff\u00e9rence observ\u00e9e pr\u00e9sente une probabilit\u00e9 \u00e9gale \u00e0 1\/2 d&rsquo;\u00eatre positive ou n\u00e9gative, ind\u00e9pendamment des autres paires. Il existe donc 2<sup>n&rsquo;<\/sup> configurations de signes \u00e9quiprobables. La distribution exacte de <em>W<\/em> est ainsi obtenue par d\u00e9nombrement combinatoire exhaustif de toutes les permutations possibles des signes sur les rangs fix\u00e9s de 1 \u00e0 <em>n&rsquo;<\/em>, permettant d&rsquo;obtenir des <em>p<\/em>-values exactes sans aucune approximation num\u00e9rique.<\/p>\n<p>Cependant, d\u00e8s lors que <em>n&rsquo;<\/em> augmente, le calcul combinatoire exhaustif devient computationnellement lourd (2<sup>50<\/sup> combinaisons d\u00e9passe 10<sup>15<\/sup> op\u00e9rations). En vertu du <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Central_limit_theorem\">th\u00e9or\u00e8me central limite<\/a>, la distribution d&rsquo;\u00e9chantillonnage de la somme des rangs <em>W<\/em> converge tr\u00e8s rapidement vers une distribution normale lorsque <em>n&rsquo;<\/em> d\u00e9passe 20 \u00e0 25 paires d&rsquo;observations. Sous l&rsquo;hypoth\u00e8se nulle, l&rsquo;esp\u00e9rance math\u00e9matique E(W) et la variance Var(W) de la statistique sont d\u00e9riv\u00e9es formellement des propri\u00e9t\u00e9s combinatoires de la somme des entiers naturels :<\/p>\n<p>E(W) = n'(n&rsquo; + 1) \/ 4<\/p>\n<p>Var(W) = n'(n&rsquo; + 1)(2n&rsquo; + 1) \/ 24<\/p>\n<p>Lorsque des rangs ex &aelig;quo sont pr\u00e9sents dans les donn\u00e9es, la variance th\u00e9orique doit imp\u00e9rativement faire l&rsquo;objet d&rsquo;une correction afin d&rsquo;ajuster la dispersion de la distribution de r\u00e9f\u00e9rence. La formule de la variance corrig\u00e9e s&rsquo;\u00e9crit alors :<\/p>\n<p>Var(W) = [n'(n&rsquo; + 1)(2n&rsquo; + 1) &#8211; &sum;<sub>j<\/sub> (t<sub>j<\/sub><sup>3<\/sup> &#8211; t<sub>j<\/sub>) \/ 2] \/ 24<\/p>\n<p>o\u00f9 t<sub>j<\/sub> repr\u00e9sente le nombre de valeurs ex &aelig;quo partageant le <em>j<\/em>-i\u00e8me rang moyen. \u00c0 partir de ces moments d&rsquo;ordre un et deux, on calcule un score z standardis\u00e9. Afin de compenser le passage d&rsquo;une variable discr\u00e8te \u00e0 saut unitaire \u00e0 une densit\u00e9 normale continue, un facteur de correction de continuit\u00e9 de 0,5 est soustrait ou ajout\u00e9 au num\u00e9rateur, conf\u00e9rant \u00e0 la statistique asymptotique la formulation suivante :<\/p>\n<p>z = (|W &#8211; E(W)| &#8211; 0,5) \/ &radic;(Var(W))<\/p>\n<p>Ce score <em>z<\/em> suit asymptotiquement une loi normale centr\u00e9e r\u00e9duite N(0, 1), autorisant l&rsquo;\u00e9valuation imm\u00e9diate de la probabilit\u00e9 critique \u00e0 l&rsquo;aide des fonctions de r\u00e9partition gaussiennes usuelles.<\/p>\n<h2>2. Test de Wilcoxon versus Test t de Student appari\u00e9 : Cadre d\u00e9cisionnel en psychom\u00e9trie<\/h2>\n<h3>2.1 Sensibilit\u00e9 aux violations de la normalit\u00e9<\/h3>\n<p>Le choix entre le test <em>t<\/em> de Student pour \u00e9chantillons appari\u00e9s et le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon repr\u00e9sente un dilemme classique en recherche exp\u00e9rimentale, tout particuli\u00e8rement dans le champ de la psychom\u00e9trie et des sciences cliniques. Le test <em>t<\/em> appari\u00e9 repose fondamentalement sur le postulat que les diff\u00e9rences intra-sujets (d<sub>i<\/sub> = x<sub>i,post<\/sub> &#8211; x<sub>i,pre<\/sub>) proviennent d&rsquo;une population dont la distribution suit une loi de Gauss. Lorsque cette hypoth\u00e8se est viol\u00e9e de fa\u00e7on substantielle \u2014 notamment sous l&rsquo;effet d&rsquo;une asym\u00e9trie marqu\u00e9e (skewness prononc\u00e9e) ou d&rsquo;un aplatissement anomal (kurtosis excessive g\u00e9n\u00e9rant des queues \u00e9paisses) \u2014, les propri\u00e9t\u00e9s inf\u00e9rentielles de l&rsquo;estimateur de Student sont s\u00e9v\u00e8rement compromises.<\/p>\n<p>Les distributions leptokurtiques ou fortement asym\u00e9triques gonflent artificiellement la variance d&rsquo;\u00e9chantillonnage de la moyenne des diff\u00e9rences, ce qui induit une instabilit\u00e9 du d\u00e9nominateur du ratio <em>t<\/em>. En cons\u00e9quence, le taux d&rsquo;erreur de premi\u00e8re esp\u00e8ce (&alpha;) peut d\u00e9vier de mani\u00e8re impr\u00e9visible de son seuil nominal (souvent 5 %), tandis que le taux d&rsquo;erreur de deuxi\u00e8me esp\u00e8ce (&beta;) subit une inflation dramatique, an\u00e9antissant la capacit\u00e9 du test \u00e0 rejeter l&rsquo;hypoth\u00e8se nulle lorsqu&rsquo;elle est mat\u00e9riellement fausse. Le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon, en convertissant les grandeurs num\u00e9riques brutes en rangs ordinaux, neutralise totalement les d\u00e9formations g\u00e9om\u00e9triques de la distribution sous-jacente.<\/p>\n<p>Sur le plan th\u00e9orique, l&rsquo;efficacit\u00e9 relative asymptotique (ARE, <em>Asymptotic Relative Efficiency<\/em>) du test de Wilcoxon par rapport au test <em>t<\/em> de Student lorsque l&rsquo;hypoth\u00e8se de normalit\u00e9 parfaite est satisfaite s&rsquo;\u00e9tablit \u00e0 3\/&pi; &asymp; 0,955. Cela signifie que m\u00eame dans le sc\u00e9nario th\u00e9orique optimal pour le test <em>t<\/em>, le test de Wilcoxon ne c\u00e8de que 4,5 % de puissance statistique par rapport \u00e0 l&rsquo;estimateur param\u00e9trique optimal. En revanche, d\u00e8s que la distribution r\u00e9elle s&rsquo;\u00e9carte de la gaussienne vers des lois \u00e0 queues lourdes telles que la loi logistique, la loi de Laplace ou la loi de Cauchy, l&rsquo;efficacit\u00e9 relative du test de Wilcoxon d\u00e9passe largement 1, atteignant parfois des valeurs infinies. Il s&rsquo;av\u00e8re donc immens\u00e9ment plus puissant que le test <em>t<\/em> face \u00e0 des donn\u00e9es empiriques non gaussiennes.<\/p>\n<h3>2.2 R\u00e9sistance aux valeurs aberrantes (outliers)<\/h3>\n<p>L&rsquo;un des d\u00e9fis majeurs de l&rsquo;analyse de donn\u00e9es psychologiques, psychiatriques et comportementales r\u00e9side dans l&rsquo;omnipr\u00e9sence d&rsquo;observations aberrantes ou atypiques (outliers). Qu&rsquo;elles r\u00e9sultent d&rsquo;erreurs instrumentales de mesure, d&rsquo;inattentions transitoires lors de la passation de questionnaires auto-rapport\u00e9s, ou qu&rsquo;elles refl\u00e8tent une h\u00e9t\u00e9rog\u00e9n\u00e9it\u00e9 clinique authentique (telle qu&rsquo;une d\u00e9compensation psychopathologique aigu\u00eb chez un sous-groupe restreint de patients), ces donn\u00e9es extr\u00eames exercent une force de levier disproportionn\u00e9e sur la moyenne arithm\u00e9tique et l&rsquo;\u00e9cart-type des diff\u00e9rences.<\/p>\n<p>Le test <em>t<\/em> appari\u00e9 calcule la statistique de contraste en int\u00e9grant la moyenne arithm\u00e9tique des \u00e9carts au num\u00e9rateur et l&rsquo;\u00e9cart-type d&rsquo;\u00e9chantillonnage au d\u00e9nominateur. Il suffit d&rsquo;une seule observation aberrante d&rsquo;amplitude disproportionn\u00e9e pour modifier le signe de la moyenne ou pour accro\u00eetre l&rsquo;\u00e9cart-type \u00e0 un point tel que la statistique <em>t<\/em> s&rsquo;effondre, masquant un effet de traitement par ailleurs parfaitement robuste et g\u00e9n\u00e9ralis\u00e9 sur les 99 % restants de la cohorte. \u00c0 l&rsquo;oppos\u00e9, le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon poss\u00e8de un point de rupture empirique et une insensibilit\u00e9 structurelle face aux scores extr\u00eames, dans la mesure o\u00f9 la valeur la plus colossale d&rsquo;une s\u00e9rie de donn\u00e9es ne recevra jamais qu&rsquo;un rang maximal \u00e9gal \u00e0 <em>n&rsquo;<\/em>.<\/p>\n<p>Pour illustrer cette r\u00e9silience, comparons l&rsquo;impact d&rsquo;un sujet pr\u00e9sentant une am\u00e9lioration extr\u00eame de +80 points sur une \u00e9chelle d&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 au sein d&rsquo;une cohorte o\u00f9 l&rsquo;am\u00e9lioration m\u00e9diane tourne autour de +5 points. Pour le test de Wilcoxon, cette diff\u00e9rence colossale re\u00e7oit simplement le rang le plus \u00e9lev\u00e9, disons 30 dans un groupe de 30 paires. Qu&rsquo;elle vaille +15 ou +80 points, son rang demeure strictement inchang\u00e9 (30), pr\u00e9servant l&rsquo;int\u00e9grit\u00e9 de la somme W<sup>+<\/sup>. L&rsquo;\u00e9valuation de la dispersion par l&rsquo;intervalle interquartile (IQR) sur les diff\u00e9rences confirme cette stabilit\u00e9, l\u00e0 o\u00f9 l&rsquo;\u00e9cart-type param\u00e9trique subit une explosion artificielle. Dans les contextes cliniques o\u00f9 les observations atypiques incarnent une r\u00e9alit\u00e9 ph\u00e9notypique qui ne doit pas \u00eatre arbitrairement censur\u00e9e par des filtres de nettoyage de donn\u00e9es, le test de Wilcoxon offre une mod\u00e9lisation inf\u00e9rentielle fid\u00e8le et protectrice.<\/p>\n<h3>2.3 Nature des \u00e9chelles de mesure en psychologie<\/h3>\n<p>L&rsquo;argument \u00e9pist\u00e9mologique et m\u00e9thodologique le plus profond en faveur du recours au test de Wilcoxon puise ses racines dans la taxonomie fondamentale des niveaux de mesure formul\u00e9e par le psychologue <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Level_of_measurement\">Stanley Smith Stevens<\/a> en 1946, distinguant les \u00e9chelles nominales, ordinales, d&rsquo;intervalles et de rapports. Dans la pratique contemporaine de l&rsquo;\u00e9valuation psychologique et m\u00e9dicale, l&rsquo;\u00e9crasante majorit\u00e9 des instruments diagnostiques repose sur des \u00e9chelles de r\u00e9ponse ordonn\u00e9es de type Likert (par exemple : \u00ab pas du tout d&rsquo;accord \u00bb, \u00ab mod\u00e9r\u00e9ment d&rsquo;accord \u00bb, \u00ab totalement d&rsquo;accord \u00bb) ou des \u00e9chelles visuelles analogiques discr\u00e9tis\u00e9es.<\/p>\n<p>L&rsquo;assimilation arbitraire d&rsquo;\u00e9chelles de Likert \u00e0 des variables d&rsquo;intervalles continues constitue un abus m\u00e9thodologique fr\u00e9quent. Rien ne permet d&rsquo;affirmer math\u00e9matiquement que la distance psychologique s\u00e9parant un score de 1 et un score de 2 sur un inventaire d&rsquo;\u00e9valuation de la d\u00e9pression est rigoureusement identique \u00e0 l&rsquo;intervalle cognitif s\u00e9parant un score de 4 d&rsquo;un score de 5. En l&rsquo;absence d&rsquo;une m\u00e9trique d&rsquo;intervalle prouv\u00e9e, les op\u00e9rations arithm\u00e9tiques \u00e9l\u00e9mentaires telles que l&rsquo;addition et la soustraction de scores bruts perdent leur justification formelle, privant le calcul des moyennes de sens math\u00e9matique strict. Le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon contourne \u00e9l\u00e9gamment cet \u00e9cueil : il n&rsquo;exige que l&rsquo;hypoth\u00e8se ordinale selon laquelle les diff\u00e9rences peuvent \u00eatre class\u00e9es de fa\u00e7on monotone.<\/p>\n<p>De surcro\u00eet, les \u00e9chelles psychom\u00e9triques sont structurellement entrav\u00e9es par des bornes num\u00e9riques infranchissables, g\u00e9n\u00e9rant des effets de plancher (impossibilit\u00e9 d&rsquo;obtenir un score inf\u00e9rieur \u00e0 z\u00e9ro) ou de plafond (score maximal ind\u00e9passable). Lorsqu&rsquo;une cohorte clinique s\u00e9v\u00e8rement d\u00e9prim\u00e9e entre dans un essai th\u00e9rapeutique, nombre de participants d\u00e9butent l&rsquo;\u00e9tude avec le score maximal autoris\u00e9 par l&rsquo;instrument. Les gains th\u00e9rapeutiques cons\u00e9cutifs compriment la variance post-interventionnelle contre la fronti\u00e8re de l&rsquo;\u00e9chelle, invalidant d\u00e9finitivement toute pr\u00e9tention \u00e0 la normalit\u00e9 gaussienne. L&rsquo;arbre d\u00e9cisionnel suivant s&rsquo;impose donc formellement en recherche appliqu\u00e9e :<\/p>\n<ul>\n<li>Si les scores bruts sont mesur\u00e9s sur une \u00e9chelle d&rsquo;intervalle continue authentique, que la distribution des diff\u00e9rences d<sub>i<\/sub> v\u00e9rifie formellement la normalit\u00e9 (asym\u00e9trie comprise entre -0,5 et +0,5, test de Shapiro-Wilk non significatif) et qu&rsquo;aucun outlier n&rsquo;est d\u00e9tect\u00e9 : appliquer le <strong>test t de Student appari\u00e9<\/strong>.<\/li>\n<li>Si les donn\u00e9es d\u00e9rivent d&rsquo;\u00e9chelles ordinales ou de scores composites d&rsquo;items de Likert, ou si la distribution des diff\u00e9rences manifeste une asym\u00e9trie prononc\u00e9e, des queues lourdes ou des valeurs extr\u00eames irr\u00e9ductibles : appliquer le <strong>test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon<\/strong>.<\/li>\n<li>Si la taille d&rsquo;\u00e9chantillon est excessivement restreinte (<em>n<\/em> &lt; 15), la v\u00e9rification de la normalit\u00e9 manquant cruellement de puissance : privil\u00e9gier par d\u00e9faut le <strong>test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon<\/strong> par mesure de pr\u00e9caution m\u00e9thodologique.<\/li>\n<\/ul>\n<h2>3. Hypoth\u00e8ses statistiques et conditions d&rsquo;application rigoureuses<\/h2>\n<h3>3.1 Ind\u00e9pendance des paires et structure des donn\u00e9es appari\u00e9es<\/h3>\n<p>L&rsquo;architecture logique du test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon exige une compr\u00e9hension pointue de la structure de d\u00e9pendance et d&rsquo;ind\u00e9pendance gouvernant le plan d&rsquo;\u00e9chantillonnage. Le test est con\u00e7u exclusivement pour traiter des donn\u00e9es dites appari\u00e9es, ce qui signifie que chaque observation de la premi\u00e8re condition est intrins\u00e8quement li\u00e9e \u00e0 une observation unique de la seconde condition par l&rsquo;interm\u00e9diaire d&rsquo;une unit\u00e9 de mesure commune. Ce sch\u00e9ma correspond typiquement aux devis exp\u00e9rimentaux intra-sujets (mesures r\u00e9p\u00e9t\u00e9es sur les m\u00eames participants \u00e0 des temps successifs T<sub>1<\/sub> et T<sub>2<\/sub>) ou aux protocoles de paires appari\u00e9es (par exemple, des jumeaux monozygotes, des couples mari\u00e9s, ou des cohortes cas-t\u00e9moins coupl\u00e9es individuellement selon l&rsquo;\u00e2ge et le sexe).<\/p>\n<p>Bien que le couplage interne \u00e0 chaque paire induise une corr\u00e9lation intra-sujet assum\u00e9e et exploit\u00e9e par le calcul des diff\u00e9rences d<sub>i<\/sub>, l&rsquo;hypoth\u00e8se m\u00e9thodologique incontournable stipule que les paires d&rsquo;observations doivent \u00eatre rigoureusement ind\u00e9pendantes les unes des autres. Math\u00e9matiquement, pour deux paires distinctes <em>i<\/em> et <em>j<\/em> (avec <em>i<\/em> &ne; <em>j<\/em>), la distribution conditionnelle de la paire (x<sub>i,post<\/sub>, x<sub>i,pre<\/sub>) ne doit apporter aucune information probabiliste sur la r\u00e9alisation de la paire (x<sub>j,post<\/sub>, x<sub>j,pre<\/sub>). Cette ind\u00e9pendance mutuelle garantit que les rangs assign\u00e9s aux \u00e9carts proc\u00e8dent de tirages al\u00e9atoires d\u00e9corr\u00e9l\u00e9s.<\/p>\n<p>La violation de cette hypoth\u00e8se d&rsquo;ind\u00e9pendance inter-paires survient couramment lorsque les chercheurs omettent de contr\u00f4ler les regroupements hi\u00e9rarchiques (effets de grappes ou <em>clustering<\/em>). Par exemple, si l&rsquo;\u00e9valuation de l&rsquo;efficacit\u00e9 d&rsquo;un protocole p\u00e9dagogique est mesur\u00e9e avant et apr\u00e8s intervention sur des \u00e9l\u00e8ves regroup\u00e9s au sein de diff\u00e9rentes classes scolaires sous la tutelle d&rsquo;enseignants distincts, les dynamiques groupales introduisent une covariance intraclasse. Dans une telle situation, traiter les \u00e9l\u00e8ves comme des unit\u00e9s ind\u00e9pendantes biaise drastiquement l&rsquo;estimation de l&rsquo;erreur-type de la statistique de rang et multiplie le risque d&rsquo;inf\u00e9rence fallacieuse. Le statisticien doit veiller scrupuleusement \u00e0 ce que l&rsquo;\u00e9chantillonnage inter-sujets soit al\u00e9atoire et d\u00e9nu\u00e9 de corr\u00e9lations structurelles non mod\u00e9lis\u00e9es.<\/p>\n<h3>3.2 Hypoth\u00e8se de sym\u00e9trie de la distribution des diff\u00e9rences<\/h3>\n<p>L&rsquo;une des m\u00e9connaissances les plus d\u00e9l\u00e9t\u00e8res et r\u00e9pandues dans la litt\u00e9rature scientifique appliqu\u00e9e concerne l&rsquo;objet exact de l&rsquo;inf\u00e9rence du test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon. Nombre de manuels et d&rsquo;articles biom\u00e9dicaux affirment \u00e0 tort que le test de Wilcoxon compare purement et simplement les m\u00e9dianes des deux conditions exp\u00e9rimentales. Cette assertion est math\u00e9matiquement inexacte sans l&rsquo;adjonction d&rsquo;un postulat g\u00e9om\u00e9trique contraignant : l&rsquo;hypoth\u00e8se de sym\u00e9trie de la distribution de la variable de diff\u00e9rence (d<sub>i<\/sub> = x<sub>i,post<\/sub> &#8211; x<sub>i,pre<\/sub>) autour de sa m\u00e9diane.<\/p>\n<p>Pour comprendre cette subtilit\u00e9 th\u00e9orique, il convient de diss\u00e9quer le comportement de la statistique W. La statistique de Wilcoxon teste formellement l&rsquo;hypoth\u00e8se nulle selon laquelle la distribution des diff\u00e9rences est sym\u00e9trique autour de z\u00e9ro. D\u00e8s lors, si la forme de la distribution sous-jacente des diff\u00e9rences d<sub>i<\/sub> est asym\u00e9trique dans la population parente, le rejet de l&rsquo;hypoth\u00e8se nulle n&rsquo;implique pas n\u00e9cessairement un d\u00e9placement pur de la m\u00e9diane : il peut simplement r\u00e9sulter d&rsquo;une asym\u00e9trie intrins\u00e8que de la dispersion des scores sans changement de la tendance centrale. En revanche, si et seulement si l&rsquo;on postule (ou v\u00e9rifie empiriquement) que la distribution des \u00e9carts est approximativement sym\u00e9trique, la m\u00e9diane des diff\u00e9rences co\u00efncide rigoureusement avec la pseudo-m\u00e9diane de Hodges-Lehmann, et le test devient alors un test exact de comparaison de d\u00e9calage m\u00e9dian.<\/p>\n<p>Il est capital de diff\u00e9rencier le concept de d\u00e9calage stochastique de l&rsquo;\u00e9galit\u00e9 stricte des m\u00e9dianes. La pseudo-m\u00e9diane \u00e9valu\u00e9e par le test des rangs sign\u00e9s correspond \u00e0 la m\u00e9diane de toutes les moyennes par paires possibles, appel\u00e9es paires de Walsh, formul\u00e9es par :<\/p>\n<p>(d<sub>i<\/sub> + d<sub>j<\/sub>) \/ 2 &emsp; pour tout 1 &le; i &le; j &le; n&rsquo;<\/p>\n<p>Lorsque la condition de sym\u00e9trie des diff\u00e9rences est viol\u00e9e de fa\u00e7on outranci\u00e8re (par exemple, si la majorit\u00e9 des individus ne pr\u00e9sente aucune variation ou un progr\u00e8s infime mais qu&rsquo;une minorit\u00e9 manifeste un effondrement spectaculaire), le test des rangs sign\u00e9s peut produire une significativit\u00e9 statistique alors m\u00eame que la m\u00e9diane des diff\u00e9rences brutes est parfaitement \u00e9gale \u00e0 z\u00e9ro. Le statisticien doit donc syst\u00e9matiquement inspecter la morphologie de la distribution des diff\u00e9rences avant de conclure p\u00e9remptoirement \u00e0 une modification de la m\u00e9diane de la population.<\/p>\n<h3>3.3 D\u00e9finition des hypoth\u00e8ses nulle (H0) et alternative (H1)<\/h3>\n<p>La mod\u00e9lisation formelle de l&rsquo;inf\u00e9rence statistique sous-jacente au test de Wilcoxon exige la d\u00e9finition rigoureuse des espaces d&rsquo;hypoth\u00e8ses confront\u00e9s, en fonction des objectifs cliniques ou scientifiques formul\u00e9s <em>a priori<\/em> dans le protocole de recherche. L&rsquo;orientation de l&rsquo;hypoth\u00e8se alternative gouverne l&rsquo;attribution des valeurs critiques et le calcul de la probabilit\u00e9 d&rsquo;erreur.<\/p>\n<p>Dans le cadre d&rsquo;un test bilat\u00e9ral (<em>two-sided test<\/em>), aucune orientation directionnelle pr\u00e9alable n&rsquo;est postul\u00e9e quant \u00e0 l&rsquo;effet de l&rsquo;intervention. L&rsquo;hypoth\u00e8se nulle (H<sub>0<\/sub>) et l&rsquo;hypoth\u00e8se alternative (H<sub>1<\/sub>) s&rsquo;expriment en termes de r\u00e9partition stochastique des diff\u00e9rences d = x<sub>post<\/sub> &#8211; x<sub>pre<\/sub> :<\/p>\n<ul>\n<li><strong>H<sub>0<\/sub> :<\/strong> La distribution des diff\u00e9rences est sym\u00e9trique autour de z\u00e9ro (m\u00e9diane &theta; = 0). Il n&rsquo;existe aucun d\u00e9calage stochastique entre les deux conditions appari\u00e9es.<\/li>\n<li><strong>H<sub>1<\/sub> :<\/strong> La distribution des diff\u00e9rences est d\u00e9cal\u00e9e par rapport \u00e0 z\u00e9ro (m\u00e9diane &theta; &ne; 0). La distribution de la condition post-intervention diff\u00e8re syst\u00e9matiquement de celle de la condition pr\u00e9-intervention.<\/li>\n<\/ul>\n<p>\u00c0 l&rsquo;inverse, lorsque des consid\u00e9rations th\u00e9oriques ou des donn\u00e9es pr\u00e9liminaires solides justifient une hypoth\u00e8se directionnelle univoque, le statisticien peut opter pour une formulation unilat\u00e9rale (<em>one-sided test<\/em>). Si l&rsquo;on \u00e9value une th\u00e9rapie cognitive visant explicitement la r\u00e9duction d&rsquo;une symptomatologie psychopathologique, l&rsquo;attente clinique stipule que les scores post-th\u00e9rapie doivent \u00eatre substantiellement inf\u00e9rieurs aux scores initiaux, impliquant des \u00e9carts d<sub>i<\/sub> = x<sub>i,post<\/sub> &#8211; x<sub>i,pre<\/sub> pr\u00e9f\u00e9rentiellement n\u00e9gatifs :<\/p>\n<ul>\n<li><strong>H<sub>0<\/sub> :<\/strong> Le d\u00e9calage de distribution est nul ou positif (&theta; &ge; 0).<\/li>\n<li><strong>H<sub>1<\/sub> :<\/strong> Le d\u00e9calage de distribution est strictement n\u00e9gatif (&theta; &lt; 0), t\u00e9moignant d&rsquo;une d\u00e9croissance des scores.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Inversement, dans le cadre de l&rsquo;\u00e9valuation d&rsquo;un gain d&rsquo;apprentissage cognitif ou d&rsquo;une am\u00e9lioration de la qualit\u00e9 de vie, l&rsquo;hypoth\u00e8se unilat\u00e9rale ciblera un d\u00e9calage positif (&theta; &gt; 0). Il convient de souligner avec fermet\u00e9 un imp\u00e9ratif d&rsquo;int\u00e9grit\u00e9 scientifique : le choix entre une approche bilat\u00e9rale ou unilat\u00e9rale doit imp\u00e9rativement \u00eatre consign\u00e9 dans le plan d&rsquo;analyse pr\u00e9-exp\u00e9rimental (pr\u00e9-enregistrement). Toute modification <em>post-hoc<\/em> de l&rsquo;orientation de l&rsquo;hypoth\u00e8se apr\u00e8s inspection visuelle des sorties num\u00e9riques constitue une d\u00e9rive m\u00e9thodologique majeure (pratique assimil\u00e9e au <em>p-hacking<\/em>) alt\u00e9rant le contr\u00f4le strict du taux d&rsquo;erreur de premi\u00e8re esp\u00e8ce.<\/p>\n<h2>4. Pr\u00e9paration de l&rsquo;environnement de travail et structuration des donn\u00e9es dans R<\/h2>\n<h3>4.1 Configuration des biblioth\u00e8ques logicielles<\/h3>\n<p>La puissance du langage statistique R r\u00e9side dans son architecture modulaire et son \u00e9cosyst\u00e8me foisonnant de m\u00e9tapaquets d\u00e9velopp\u00e9s par la communaut\u00e9 scientifique internationale. Bien que l&rsquo;environnement de base de R dispose nativement des routines indispensables pour calculer le test de Wilcoxon via le package <code>stats<\/code>, la r\u00e9alisation d&rsquo;analyses pouss\u00e9es, incluant la manipulation \u00e9l\u00e9gante des tables, la d\u00e9tection des structures d&rsquo;ex &aelig;quo, l&rsquo;extraction automatis\u00e9e des tailles d&rsquo;effet et la g\u00e9n\u00e9ration de visuels sophistiqu\u00e9s, requiert l&rsquo;importation de biblioth\u00e8ques sp\u00e9cialis\u00e9es.<\/p>\n<p>Pour configurer un environnement analytique complet et p\u00e9renne, quatre packages majeurs doivent \u00eatre charg\u00e9s. Le premier est le m\u00e9tapaquet <code>tidyverse<\/code> (regroupant <code>dplyr<\/code>, <code>tidyr<\/code>, <code>ggplot2<\/code> et <code>purrr<\/code>), qui forme l&rsquo;infrastructure standard de manipulation et de visualisation des donn\u00e9es selon le paradigme du <em>tidy data<\/em>. Le deuxi\u00e8me est <code>rstatix<\/code>, d\u00e9velopp\u00e9 par Alboukadel Kassambara, qui offre une interface statistique fluide, conviviale et parfaitement int\u00e9gr\u00e9e aux pipelines <code>tidyverse<\/code>, standardisant les sorties d&rsquo;analyse sous la forme de data frames structur\u00e9s.<\/p>\n<p>Le troisi\u00e8me package incontournable est <code>coin<\/code> (<em>Conditional Inference Procedures in a Permutation Test Framework<\/em>), maintenu par Torsten Hothorn et ses collaborateurs. Ce package repr\u00e9sente la r\u00e9f\u00e9rence absolue pour le calcul exact et asymptotique conditionnel des tests de rangs en pr\u00e9sence de structures complexes d&rsquo;ex &aelig;quo et de donn\u00e9es non standard. Enfin, le package <code>psych<\/code> fournit un ensemble robuste de m\u00e9triques descriptives indispensables pour quantifier l&rsquo;asym\u00e9trie, l&rsquo;aplatissement et la tendance centrale non param\u00e9trique des variables psychom\u00e9triques. L&rsquo;initialisation se programme de la fa\u00e7on suivante en console R :<\/p>\n<p>install.packages(c(\u00ab\u00a0tidyverse\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0rstatix\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0coin\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0psych\u00a0\u00bb))<br \/>\nlibrary(tidyverse)<br \/>\nlibrary(rstatix)<br \/>\nlibrary(coin)<br \/>\nlibrary(psych)<\/p>\n<h3>4.2 Formatage des donn\u00e9es : Format large versus format long<\/h3>\n<p>Une source r\u00e9currente d&rsquo;erreurs et de frustrations chez les analystes r\u00e9side dans la confusion structurelle entre les repr\u00e9sentations matricielles dites \u00ab format large \u00bb (<em>wide format<\/em>) et \u00ab format long \u00bb (<em>long format<\/em> ou <em>tidy format<\/em>). Chacune de ces g\u00e9om\u00e9tries de donn\u00e9es r\u00e9pond \u00e0 des imp\u00e9ratifs analytiques distincts dans R, et la ma\u00eetrise de leur transition bidirectionnelle via les verbes de <code>tidyr<\/code> est essentielle.<\/p>\n<p>Dans le <strong>format large<\/strong>, chaque ligne de la table repr\u00e9sente une unit\u00e9 d&rsquo;\u00e9chantillonnage unique (un participant individuel), et les mesures r\u00e9p\u00e9t\u00e9es collect\u00e9es au fil du temps occupent des colonnes distinctes et juxtapos\u00e9es. Typiquement, la table comportera une colonne <code>id<\/code>, une colonne <code>score_pre<\/code> et une colonne <code>score_post<\/code>. Ce format s&rsquo;av\u00e8re particuli\u00e8rement intuitif pour le calcul vectoriel direct des diff\u00e9rences individuelles via la formule arithm\u00e9tique <code>diff = score_post - score_pre<\/code> et correspond \u00e0 l&rsquo;entr\u00e9e par d\u00e9faut de l&rsquo;interface vectorielle de base de R.<\/p>\n<figure class=\"wpt-preserved-image\"><img fetchpriority=\"high\" decoding=\"async\" src=\"http:\/\/french.arabpsychology.com\/wp-content\/uploads\/2026\/09\/wilcox1-1-1.png\" alt=\"Example dataset for Wilcoxon Signed Rank test\" \/><figcaption>Example dataset for Wilcoxon Signed Rank test<\/figcaption><\/figure>\n<p>\u00c0 l&rsquo;inverse, le <strong>format long<\/strong> empile verticalement l&rsquo;ensemble des mesures dans une unique colonne de r\u00e9ponse num\u00e9rique, identifi\u00e9e par une colonne de facteur temporel indiquant la modalit\u00e9 d&rsquo;observation. La table se compose d\u00e8s lors d&rsquo;une colonne d&rsquo;identifiants <code>id<\/code> (chaque sujet apparaissant sur deux lignes distinctes), d&rsquo;une variable ind\u00e9pendante intra-sujet <code>temps<\/code> (avec les niveaux \u00ab pre \u00bb et \u00ab post \u00bb) et d&rsquo;une variable d\u00e9pendante <code>score<\/code>. Ce format constitue le standard obligatoire pour l&rsquo;interface par formule sous <code>rstatix<\/code> et pour l&rsquo;ensemble des graphiques \u00e9labor\u00e9s sous <code>ggplot2<\/code>.<\/p>\n<p>La conversion d&rsquo;un format \u00e0 l&rsquo;autre s&rsquo;op\u00e8re avec une remarquable \u00e9l\u00e9gance syntaxique gr\u00e2ce aux fonctions <code>pivot_longer()<\/code> et <code>pivot_wider()<\/code> de la biblioth\u00e8que <code>tidyr<\/code>. Par exemple, pour faire basculer un tableau <code>donnees_larges<\/code> vers le format long standardis\u00e9, on ex\u00e9cutera le code suivant :<\/p>\n<p>donnees_longues &lt;- donnees_larges %&gt;%<br \/>\n&emsp;pivot_longer(<br \/>\n&emsp;&emsp;cols = c(score_pre, score_post),<br \/>\n&emsp;&emsp;names_to = \u00ab\u00a0temps\u00a0\u00bb,<br \/>\n&emsp;&emsp;values_to = \u00ab\u00a0score\u00a0\u00bb<br \/>\n&emsp;) %&gt;%<br \/>\n&emsp;mutate(temps = factor(temps, levels = c(\u00ab\u00a0score_pre\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0score_post\u00a0\u00bb)))<\/p>\n<p>La r\u00e9ciproque s&rsquo;effectue tout aussi ais\u00e9ment \u00e0 l&rsquo;aide de l&rsquo;instruction inverse :<\/p>\n<p>donnees_larges &lt;- donnees_longues %&gt;%<br \/>\n&emsp;pivot_wider(names_from = temps, values_from = score)<\/p>\n<h3>4.3 Contr\u00f4le de l&rsquo;int\u00e9grit\u00e9 des donn\u00e9es et gestion des valeurs manquantes<\/h3>\n<p>Pr\u00e9alablement \u00e0 toute d\u00e9marche d&rsquo;inf\u00e9rence statistique, un audit rigoureux de l&rsquo;int\u00e9grit\u00e9 matricielle s&rsquo;impose afin d&rsquo;\u00e9viter des corruptions insidieuses du calcul de la statistique de test. Dans le cadre d&rsquo;un protocole \u00e0 mesures r\u00e9p\u00e9t\u00e9es, l&rsquo;existence d&rsquo;identifiants dupliqu\u00e9s, d&rsquo;identifiants orphelins ou d&rsquo;inversions de lignes au sein des fichiers de saisie brute constitue un risque majeur qui invaliderait l&rsquo;appariement des donn\u00e9es.<\/p>\n<p>La gestion des donn\u00e9es manquantes unilat\u00e9rales (ph\u00e9nom\u00e8ne classique d&rsquo;attrition ou de perdus de vue lors de la phase de post-test) requiert une vigilance absolue. Si un participant dispose d&rsquo;un score valide \u00e0 l&rsquo;\u00e9valuation initiale (T<sub>1<\/sub>) mais n&rsquo;a pas compl\u00e9t\u00e9 l&rsquo;\u00e9valuation terminale (T<sub>2<\/sub>), la paire devient incompl\u00e8te. Contrairement aux mod\u00e8les mixtes lin\u00e9aires qui tol\u00e8rent les donn\u00e9es manquantes sous l&rsquo;hypoth\u00e8se de perte al\u00e9atoire (MAR, <em>Missing at Random<\/em>), le calcul non param\u00e9trique de Wilcoxon repose sur un appariement d\u00e9terministe strict et applique obligatoirement une strat\u00e9gie d&rsquo;\u00e9limination par observation compl\u00e8te (<em>listwise deletion<\/em>).<\/p>\n<p>Le chercheur doit s&rsquo;assurer que chaque identifiant individuel pr\u00e9sent dans le tableau poss\u00e8de exactement deux enregistrements non nuls au format long. Si l&rsquo;on travaille directement sur des vecteurs issus du format large, la d\u00e9tection et le filtrage des paires incompl\u00e8tes s&rsquo;effectuent via l&rsquo;instruction :<\/p>\n<p>donnees_nettoyees &lt;- donnees_larges %&gt;%<br \/>\n&emsp;filter(!is.na(score_pre) &amp; !is.na(score_post))<\/p>\n<p>Enfin, il est imp\u00e9ratif de contr\u00f4ler minutieusement la typologie des vecteurs informatiques. Les variables quantitatives doivent \u00eatre explicitement stock\u00e9es sous forme de vecteurs num\u00e9riques ou d&rsquo;entiers (<code>numeric<\/code> ou <code>integer<\/code>), tandis que les variables temporelles et les identifiants de sujets doivent imp\u00e9rativement \u00eatre format\u00e9s en facteurs cat\u00e9goriels (<code>factor<\/code>). La confusion d&rsquo;un identifiant num\u00e9rique trait\u00e9 par erreur comme une variable quantitative continue peut fausser les routines de groupement automatis\u00e9 des packages sp\u00e9cialis\u00e9s.<\/p>\n<h2>5. Exploration pr\u00e9alable des donn\u00e9es et v\u00e9rification de la sym\u00e9trie sous R<\/h2>\n<h3>5.1 Calcul et inspection de la variable de diff\u00e9rence<\/h3>\n<p>L&rsquo;exploration pr\u00e9alable \u00e0 l&rsquo;inf\u00e9rence non param\u00e9trique ne saurait se cantonner \u00e0 la simple lecture des distributions marginales de la variable d\u00e9pendante mesur\u00e9e avant et apr\u00e8s l&rsquo;intervention. L&rsquo;unit\u00e9 analytique fondamentale du test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon r\u00e9sidant dans la diff\u00e9rence intra-individuelle, c&rsquo;est la variable composite d<sub>i<\/sub> = x<sub>i,post<\/sub> &#8211; x<sub>i,pre<\/sub> qui doit faire l&rsquo;objet de toutes les investigations statistiques et g\u00e9om\u00e9triques.<\/p>\n<p>\u00c0 partir du format large, la cr\u00e9ation programmatique de la colonne des \u00e9carts s&rsquo;op\u00e8re par l&rsquo;application de la fonction <code>mutate()<\/code> de <code>dplyr<\/code> :<\/p>\n<p>donnees_analyse &lt;- donnees_larges %&gt;%<br \/>\n&emsp;mutate(difference = score_post &#8211; score_pre)<\/p>\n<p>Une fois cette variable g\u00e9n\u00e9r\u00e9e, le statisticien proc\u00e8de \u00e0 l&rsquo;extraction des indicateurs de tendance centrale et de dispersion non param\u00e9triques. Contrairement \u00e0 la moyenne et \u00e0 la variance qui caract\u00e9risent les lois gaussiennes, les statistiques descriptives de choix sont ici la m\u00e9diane, l&rsquo;\u00e9cart absolu m\u00e9dian (MAD, <em>Median Absolute Deviation<\/em>) et l&rsquo;\u00e9cart interquartile (IQR, <em>Interquartile Range<\/em>). L&rsquo;impl\u00e9mentation sous R s&rsquo;articule comme suit :<\/p>\n<p>donnees_analyse %&gt;%<br \/>\n&emsp;summarise(<br \/>\n&emsp;&emsp;n = n(),<br \/>\n&emsp;&emsp;mediane = median(difference),<br \/>\n&emsp;&emsp;iqr = IQR(difference),<br \/>\n&emsp;&emsp;mad = mad(difference),<br \/>\n&emsp;&emsp;min = min(difference),<br \/>\n&emsp;&emsp;max = max(difference)<br \/>\n&emsp;)<\/p>\n<p>L&rsquo;inspection comparative de la m\u00e9diane et de l&rsquo;intervalle interquartile permet d&rsquo;appr\u00e9cier d&#8217;embl\u00e9e la force du changement typique subi par l&rsquo;\u00e9chantillon tout en neutralisant l&rsquo;influence des variations extr\u00eames individuelles d\u00e9celables par l&rsquo;examen des valeurs minimale et maximale.<\/p>\n<h3>5.2 \u00c9valuation formelle de la non-normalit\u00e9<\/h3>\n<p>Pour justifier rigoureusement l&rsquo;abandon du test <em>t<\/em> de Student appari\u00e9 au profit du test de Wilcoxon lors de la r\u00e9daction d&rsquo;un manuscrit scientifique, le chercheur doit \u00e9tayer sa d\u00e9cision par une \u00e9valuation formelle du comportement distributionnel des diff\u00e9rences. L&rsquo;outil inf\u00e9rentiel standard le plus \u00e9prouv\u00e9 et puissant pour tester la normalit\u00e9 r\u00e9side dans le <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Shapiro%E2%80%93Wilk_test\">test de Shapiro-Wilk<\/a>, ex\u00e9cut\u00e9 dans R via la fonction <code>shapiro.test()<\/code> :<\/p>\n<p>shapiro.test(donnees_analyse$difference)<\/p>\n<p>L&rsquo;hypoth\u00e8se nulle du test de Shapiro-Wilk postule que l&rsquo;\u00e9chantillon des diff\u00e9rences provient d&rsquo;une population gaussienne. L&rsquo;obtention d&rsquo;une valeur critique <em>p<\/em> inf\u00e9rieure au seuil conventionnel de 0,05 conduit au rejet sans \u00e9quivoque de l&rsquo;hypoth\u00e8se de normalit\u00e9, attestant que la distribution empirique d\u00e9vie de mani\u00e8re significative du mod\u00e8le th\u00e9orique de Student. Cependant, l&rsquo;analyste exp\u00e9riment\u00e9 doit garder \u00e0 l&rsquo;esprit les limites inh\u00e9rentes aux tests formels de normalit\u00e9 : sur de tr\u00e8s grands \u00e9chantillons (<em>n<\/em> &gt; 300), le test de Shapiro-Wilk devient hypersensible \u00e0 des micro-d\u00e9viations triviales d\u00e9pourvues de toute cons\u00e9quence statistique pratique ; \u00e0 l&rsquo;inverse, sur de petits \u00e9chantillons (<em>n<\/em> &lt; 20), il manque cruellement de puissance pour d\u00e9tecter des non-normalit\u00e9s substantielles.<\/p>\n<p>Cette approche inf\u00e9rentielle doit donc \u00eatre imp\u00e9rativement compl\u00e9t\u00e9e par l&rsquo;examen quantitatif des coefficients d&rsquo;asym\u00e9trie (<em>skewness<\/em>) et d&rsquo;aplatissement (<em>kurtosis<\/em>), calculables via la commande <code>describe()<\/code> du package <code>psych<\/code> :<\/p>\n<p>psych::describe(donnees_analyse$difference)<\/p>\n<p>Des valeurs de coefficient d&rsquo;asym\u00e9trie s&rsquo;\u00e9cartant de l&rsquo;intervalle [-1, +1] ou un aplatissement exc\u00e9dant l&rsquo;intervalle [-2, +2] scellent d\u00e9finitivement la non-conformit\u00e9 aux exigences param\u00e9triques, rendant l&#8217;emploi du test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon math\u00e9matiquement indispensable.<\/p>\n<h3>5.3 Inspection graphique de la forme de la distribution<\/h3>\n<p>L&rsquo;exploration des donn\u00e9es ne saurait atteindre sa pleine maturit\u00e9 analytique sans une corroboration visuelle fine des propri\u00e9t\u00e9s morphologiques de la variable d&rsquo;\u00e9cart. C&rsquo;est l&rsquo;inspection graphique qui permettra d&rsquo;\u00e9valuer non seulement l&rsquo;\u00e9tendue des d\u00e9viations par rapport \u00e0 la droite de normalit\u00e9, mais surtout de valider le postulat fondamental de sym\u00e9trie relative des diff\u00e9rences autour de leur m\u00e9diane.<\/p>\n<p>La premi\u00e8re composante graphique essentielle est le diagramme quantile-quantile normal (Q-Q plot), qui confronte directement les quantiles empiriques de la distribution des diff\u00e9rences aux quantiles th\u00e9oriques d&rsquo;une loi gaussienne standard. Sous <code>ggplot2<\/code>, ce trac\u00e9 s&rsquo;obtient avec une pr\u00e9cision chirurgicale :<\/p>\n<p>ggplot(donnees_analyse, aes(sample = difference)) +<br \/>\n&emsp;stat_qq(color = \u00ab\u00a0#2c3e50\u00a0\u00bb, size = 2) +<br \/>\n&emsp;stat_qq_line(color = \u00ab\u00a0#e74c3c\u00a0\u00bb, linetype = \u00ab\u00a0dashed\u00a0\u00bb, linewidth = 1) +<br \/>\n&emsp;theme_minimal() +<br \/>\n&emsp;labs(title = \u00ab\u00a0Diagramme Quantile-Quantile des Diff\u00e9rences\u00a0\u00bb,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;x = \u00ab\u00a0Quantiles Th\u00e9oriques\u00a0\u00bb, y = \u00ab\u00a0Quantiles Observ\u00e9s\u00a0\u00bb)<\/p>\n<p>Des points s&rsquo;\u00e9cartant syst\u00e9matiquement de la ligne diagonale rouge en formant une courbure en \u00ab S \u00bb signalent des queues lourdes, tandis qu&rsquo;une concavit\u00e9 unilat\u00e9rale traduit une asym\u00e9trie nette. Pour inspecter la condition de sym\u00e9trie de la distribution, on superpose un histogramme \u00e0 pas fin et une estimation de densit\u00e9 par noyau (<em>kernel density estimation<\/em>) sur laquelle est appos\u00e9e une ligne verticale mat\u00e9rialisant la m\u00e9diane :<\/p>\n<p>ggplot(donnees_analyse, aes(x = difference)) +<br \/>\n&emsp;geom_histogram(aes(y = after_stat(density)), bins = 15, fill = \u00ab\u00a0#3498db\u00a0\u00bb, color = \u00ab\u00a0white\u00a0\u00bb, alpha = 0.6) +<br \/>\n&emsp;geom_density(color = \u00ab\u00a0#2980b9\u00a0\u00bb, linewidth = 1.2) +<br \/>\n&emsp;geom_vline(xintercept = median(donnees_analyse$difference), linetype = \u00ab\u00a0dashed\u00a0\u00bb, color = \u00ab\u00a0#c0392b\u00a0\u00bb, linewidth = 1) +<br \/>\n&emsp;theme_minimal() +<br \/>\n&emsp;labs(title = \u00ab\u00a0Distribution de Densit\u00e9 des \u00c9carts Intra-Sujets\u00a0\u00bb,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;x = \u00ab\u00a0Diff\u00e9rence (Post &#8211; Pr\u00e9)\u00a0\u00bb, y = \u00ab\u00a0Densit\u00e9\u00a0\u00bb)<\/p>\n<p>Si la cloche de densit\u00e9 pr\u00e9sente une forme approximativement \u00e9quilibr\u00e9e de part et d&rsquo;autre de la ligne rouge m\u00e9diane, l&rsquo;analyste dispose de l&rsquo;assurance m\u00e9thodologique que le test de Wilcoxon pourra \u00eatre interpr\u00e9t\u00e9 sans r\u00e9serve comme un test formel de d\u00e9calage de la m\u00e9diane.<\/p>\n<h2>6. Ex\u00e9cution pas-\u00e0-pas avec la fonction native wilcox.test() dans R<\/h2>\n<h3>6.1 Syntaxe de base pour \u00e9chantillons appari\u00e9s<\/h3>\n<p>L&rsquo;impl\u00e9mentation historique du test des rangs sign\u00e9s dans l&rsquo;environnement de base R repose sur la fonction polyvalente <code>wilcox.test()<\/code>, localis\u00e9e au sein du package <code>stats<\/code>. Cette fonction est remarquable car elle prend en charge aussi bien le test de somme des rangs de Mann-Whitney (pour \u00e9chantillons totalement ind\u00e9pendants) que le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon (pour \u00e9chantillons appari\u00e9s). Cette double comp\u00e9tence impose une rigueur absolue lors du param\u00e9trage programmatique : l&rsquo;argument <code>paired<\/code> doit imp\u00e9rativement \u00eatre configur\u00e9 sur <code>TRUE<\/code>.<\/p>\n<p>L&rsquo;ex\u00e9cution peut s&rsquo;op\u00e9rer selon deux modes syntaxiques distincts. Le premier, la <strong>syntaxe vectorielle<\/strong>, s&rsquo;articule autour de deux vecteurs num\u00e9riques distincts extraits du format large :<\/p>\n<p>wilcox.test(donnees_larges<span class=\"arabpsy-math-inline\" data-latex=\"score_post, donnees_larges\">$score_post, donnees_larges$<\/span>score_pre, paired = TRUE)<\/p>\n<p>Le second, la <strong>syntaxe par formule<\/strong>, s&rsquo;applique directement sur une table structur\u00e9e au format long, en pr\u00e9cisant la variable d\u00e9pendante \u00e0 gauche du tilde et la variable ind\u00e9pendante cat\u00e9gorielle \u00e0 droite, coupl\u00e9e \u00e0 l&rsquo;identification explicite de la structure de bloc :<\/p>\n<p>wilcox.test(score ~ temps, data = donnees_longues, paired = TRUE)<\/p>\n<p>L&rsquo;omission accidentelle du param\u00e8tre <code>paired = TRUE<\/code> repr\u00e9sente le pi\u00e8ge le plus funeste du traitement statistique sous R. Si cette option fait d\u00e9faut, R applique silencieusement le test non appari\u00e9 de Mann-Whitney (\u00e9quivalent au test de la somme des rangs de Wilcoxon), traitant les deux s\u00e9ries temporelles comme s&rsquo;il s&rsquo;agissait de deux groupes distincts de participants ind\u00e9pendants. Cette b\u00e9vue an\u00e9antit totalement le gain de puissance li\u00e9 au contr\u00f4le de la variance intra-sujet et produit une <em>p<\/em>-value erron\u00e9e susceptible de compromettre les conclusions de l&rsquo;\u00e9tude.<\/p>\n<h3>6.2 Gestion des hypoth\u00e8ses unilat\u00e9rales et bilat\u00e9rales<\/h3>\n<p>Par d\u00e9faut, la fonction <code>wilcox.test()<\/code> calibre l&rsquo;inf\u00e9rence sur une hypoth\u00e8se bilat\u00e9rale, mod\u00e9lis\u00e9e par l&rsquo;argument interne <code>alternative = \"two.sided\"<\/code>. Toutefois, lorsque les hypoth\u00e8ses de recherche pr\u00e9-d\u00e9finies postulent une orientation unidirectionnelle du changement, l&rsquo;analyste doit configurer explicitement l&rsquo;argument <code>alternative<\/code> en choisissant entre les options <code>\"greater\"<\/code> ou <code>\"less\"<\/code>.<\/p>\n<p>La compr\u00e9hension de l&rsquo;orientation du contraste exige une attention extr\u00eame \u00e0 l&rsquo;ordre d&rsquo;entr\u00e9e des arguments vectoriels dans l&rsquo;appel de fonction. Dans l&rsquo;instruction vectorielle <code>wilcox.test(x, y, paired = TRUE, alternative = ...)<\/code>, le calcul math\u00e9matique interne \u00e9value les diff\u00e9rences sous la forme d = x &#8211; y. Par cons\u00e9quent :<\/p>\n<ul>\n<li>Si l&rsquo;on sp\u00e9cifie <code>alternative = \"greater\"<\/code>, R teste l&rsquo;hypoth\u00e8se alternative selon laquelle la distribution de <em>x<\/em> est stochastiquement d\u00e9cal\u00e9e vers des valeurs plus \u00e9lev\u00e9es que <em>y<\/em>, ce qui \u00e9quivaut \u00e0 postuler que la diff\u00e9rence (x &#8211; y) est positive.<\/li>\n<li>Si l&rsquo;on sp\u00e9cifie <code>alternative = \"less\"<\/code>, R teste l&rsquo;hypoth\u00e8se alternative selon laquelle la distribution de <em>x<\/em> est stochastiquement d\u00e9cal\u00e9e vers des valeurs plus faibles que <em>y<\/em>, ce qui \u00e9quivaut \u00e0 postuler que la diff\u00e9rence (x &#8211; y) est n\u00e9gative.<\/li>\n<\/ul>\n<p>La syntaxe par formule (<code>score ~ temps<\/code>) pr\u00e9sente un risque d&rsquo;inversion directionnelle accru, car l&rsquo;ordre de soustraction d\u00e9pend strictement de l&rsquo;ordonnancement interne des niveaux du facteur cat\u00e9goriel <code>temps<\/code> d\u00e9termin\u00e9 par la fonction <code>levels()<\/code>. Si le premier niveau est \u00ab pre \u00bb et le second \u00ab post \u00bb, R soustraira implicitement \u00ab pre \u00bb de \u00ab post \u00bb, ou inversement selon la version de l&rsquo;interpr\u00e9teur. Pour bannir tout risque d&rsquo;ambigu\u00eft\u00e9 directionnelle, il est fortement recommand\u00e9 de v\u00e9rifier l&rsquo;ordre des facteurs via <code>levels(donnees_longues$temps)<\/code> pr\u00e9alablement \u00e0 l&rsquo;analyse unilat\u00e9rale, ou d&rsquo;utiliser pr\u00e9f\u00e9rentiellement la syntaxe vectorielle dont la relation x &#8211; y demeure parfaitement explicite.<\/p>\n<h3>6.3 Compr\u00e9hension de la sortie console de base R<\/h3>\n<p>L&rsquo;ex\u00e9cution de la commande <code>wilcox.test()<\/code> g\u00e9n\u00e8re dans la console une sortie textuelle condens\u00e9e structur\u00e9e en plusieurs lignes informatives :<\/p>\n<p><code>Wilcoxon signed rank test<\/code><br \/>\n<code>data:  donnees_larges<span class=\"arabpsy-math-inline\" data-latex=\"score_post and donnees_larges\">$score_post and donnees_larges$<\/span>score_pre<\/code><br \/>\n<code>V = 435.5, p-value = 0.001247<\/code><br \/>\n<code>alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0<\/code><\/p>\n<p>Le premier \u00e9l\u00e9ment d&rsquo;int\u00e9r\u00eat est la statistique de test, d\u00e9sign\u00e9e par la lettre majuscule <code>V<\/code>. Dans l&rsquo;architecture algorithmique de R, <strong>V<\/strong> ne repr\u00e9sente pas le minimum des sommes des rangs min(W<sup>+<\/sup>, W<sup>&#8211;<\/sup>) souvent d\u00e9crit dans les manuels scolaires d&rsquo;initiation, mais correspond rigoureusement et invariablement \u00e0 la somme des rangs attribu\u00e9s aux diff\u00e9rences strictement positives (W<sup>+<\/sup>). La valeur num\u00e9rique associ\u00e9e (ici 435.5) doit donc s&rsquo;interpr\u00e9ter en relation directe avec la somme totale th\u00e9orique des rangs disponibles pour la taille d&rsquo;\u00e9chantillon analys\u00e9e.<\/p>\n<p>La seconde ligne critique affiche la <em>p<\/em>-value, qui traduit la probabilit\u00e9 d&rsquo;observer une somme de rangs positifs au moins aussi extr\u00eame que celle mesur\u00e9e sous l&rsquo;hypoth\u00e8se nulle d&rsquo;absence de d\u00e9calage stochastique. Cependant, la sortie console s&rsquo;accompagne tr\u00e8s fr\u00e9quemment de messages d&rsquo;alerte (<em>warnings<\/em>) qui suscitent l&rsquo;inqui\u00e9tude l\u00e9gitime des chercheurs :<\/p>\n<p><code>Warning message: In wilcox.test.default(...): cannot compute exact p-value with ties<\/code><br \/>\n<code>Warning message: In wilcox.test.default(...): cannot compute exact p-value with zeroes<\/code><\/p>\n<p>Le message relatif aux \u00ab ties \u00bb signale l&rsquo;existence d&rsquo;ex &aelig;quo dans les valeurs absolues des diff\u00e9rences, ce qui brise la structure combinatoire des entiers continus et interdit \u00e0 l&rsquo;algorithme natif d&rsquo;\u00e9valuer la distribution exacte par permutations th\u00e9oriques. R bascule alors par d\u00e9faut vers une approximation normale asymptotique sans que l&rsquo;utilisateur n&rsquo;en ma\u00eetrise pleinement les modalit\u00e9s. Le message relatif aux \u00ab zeroes \u00bb indique la pr\u00e9sence d&rsquo;individus sans aucun changement entre le pr\u00e9 et le post-test, lesquels sont \u00e9limin\u00e9s de l&rsquo;estimation exacte par la m\u00e9thode de Wilcoxon. Face \u00e0 ces avertissements r\u00e9currents sur les donn\u00e9es empiriques r\u00e9elles, le recours \u00e0 des biblioth\u00e8ques plus \u00e9labor\u00e9es devient imp\u00e9ratif.<\/p>\n<h2>7. Gestion avanc\u00e9e des ex \u00e6quo et calcul exact avec des packages sp\u00e9cialis\u00e9s<\/h2>\n<h3>7.1 Probl\u00e9matique th\u00e9orique des rangs ex \u00e6quo et des diff\u00e9rences nulles<\/h3>\n<p>L&rsquo;\u00e9mergence de rangs ex &aelig;quo (<em>ties<\/em>) et de diff\u00e9rences rigoureusement nulles (d<sub>i<\/sub> = 0) n&rsquo;est pas une anomalie marginale en sciences empiriques, mais une r\u00e9gularit\u00e9 presque universelle d\u00e8s lors que les instruments d&rsquo;\u00e9valuation reposent sur des \u00e9chelles discr\u00e8tes \u00e0 granularit\u00e9 limit\u00e9e. Ces configurations imposent des arbitrages math\u00e9matiques lourds de cons\u00e9quences sur le calcul de la probabilit\u00e9 critique.<\/p>\n<p>Face \u00e0 des diff\u00e9rences nulles, deux paradigmes concurrents coexistent dans la th\u00e9orie statistique. Le premier, formul\u00e9 par Wilcoxon en 1945, pr\u00e9conise la suppression pure et simple de toutes les paires pr\u00e9sentant une diff\u00e9rence d<sub>i<\/sub> = 0, r\u00e9duisant la taille de l&rsquo;\u00e9chantillon \u00e0 <em>n&rsquo;<\/em>. Cette approche a \u00e9t\u00e9 s\u00e9v\u00e8rement critiqu\u00e9e car elle \u00e9carte arbitrairement des donn\u00e9es empiriques authentiques attestant d&rsquo;une absence absolue d&rsquo;effet th\u00e9rapeutique. Le second paradigme, formul\u00e9 par John W. Pratt en 1959, inclut l&rsquo;ensemble des diff\u00e9rences nulles dans la proc\u00e9dure de classement par rangs : les z\u00e9ros re\u00e7oivent les rangs les plus faibles, puis sont omis uniquement lors de la sommation finale des rangs positifs et n\u00e9gatifs. La m\u00e9thode de Pratt pr\u00e9serve ainsi le poids relatif des \u00e9carts de faible magnitude par rapport \u00e0 la taille r\u00e9elle de la cohorte test\u00e9e.<\/p>\n<p>Concernant les valeurs absolues identiques, la proc\u00e9dure d&rsquo;attribution des rangs moyens (<em>mid-ranks<\/em>) induit une r\u00e9duction syst\u00e9matique de la variance de la statistique W. Si cette contraction de la variance n&rsquo;est pas corrig\u00e9e formellement dans le calcul asymptotique de la statistique standardis\u00e9e <em>z<\/em>, l&rsquo;erreur-type s&rsquo;av\u00e8re surestim\u00e9e, entra\u00eenant un test ind\u00fbment conservateur et une perte notable de puissance statistique. Par ailleurs, les distributions combinatoires exactes tabul\u00e9es dans les ouvrages classiques deviennent totalement inop\u00e9rantes en pr\u00e9sence d&rsquo;ex &aelig;quo, imposant l&rsquo;usage d&rsquo;algorithmes de permutation informatis\u00e9s.<\/p>\n<h3>7.2 Mise en \u0153uvre robuste avec le package coin<\/h3>\n<p>Pour r\u00e9soudre d\u00e9finitivement les limitations et les approximations aveugles de la fonction de base, la communaut\u00e9 biostatistique recourt pr\u00e9f\u00e9rentiellement au package <code>coin<\/code>. Ce dernier int\u00e8gre les tests de rangs dans la th\u00e9orie unifi\u00e9e de l&rsquo;inf\u00e9rence conditionnelle par permutation d\u00e9velopp\u00e9e par Strasser et Weber (1999). La fonction d\u00e9di\u00e9e au test appari\u00e9 s&rsquo;intitule <code>wilcoxsign_test()<\/code>.<\/p>\n<p>Sa force r\u00e9side dans sa capacit\u00e9 \u00e0 ajuster avec une pr\u00e9cision chirurgicale la distribution de r\u00e9f\u00e9rence de la statistique de test, m\u00eame en pr\u00e9sence d&rsquo;un nombre massif d&rsquo;ex &aelig;quo et de z\u00e9ros trait\u00e9s selon la m\u00e9thode de Pratt ou de Wilcoxon. L&rsquo;appel s&rsquo;ex\u00e9cute exclusivement sous la syntaxe par formule :<\/p>\n<p>wilcoxsign_test(score_post ~ score_pre, data = donnees_larges, zero.method = \u00ab\u00a0Pratt\u00a0\u00bb, distribution = \u00ab\u00a0exact\u00a0\u00bb)<\/p>\n<p>L&rsquo;argument <code>distribution<\/code> offre une flexibilit\u00e9 algorithmique absolue :<\/p>\n<ul>\n<li><code>distribution = \"exact\"<\/code> : commande le calcul combinatoire exact conditionn\u00e9 sp\u00e9cifiquement sur le sch\u00e9ma d&rsquo;ex &aelig;quo pr\u00e9sent dans le jeu de donn\u00e9es analys\u00e9. Cette option garantit une <em>p<\/em>-value sans aucune approximation num\u00e9rique, m\u00eame en pr\u00e9sence d&rsquo;\u00e9galit\u00e9s multiples, tant que la combinatoire demeure g\u00e9rable.<\/li>\n<li><code>distribution = \"approximate\"(nresample = 100000)<\/code> : d\u00e9ploie une proc\u00e9dure de r\u00e9\u00e9chantillonnage de Monte Carlo avec 100 000 tirages par permutation al\u00e9atoire lorsque la taille d&rsquo;\u00e9chantillon interdit le calcul exact exhaustif, fournissant une estimation asymptotiquement parfaite assortie d&rsquo;un intervalle de confiance sur la <em>p<\/em>-value.<\/li>\n<li><code>distribution = \"asymptotic\"<\/code> : applique la correction de continuit\u00e9 et l&rsquo;ajustement complet de la variance pour les rangs moyens selon les formulations th\u00e9oriques les plus abouties.<\/li>\n<\/ul>\n<p>L&rsquo;extraction de la statistique <em>Z<\/em> standardis\u00e9e s&rsquo;effectue directement par la m\u00e9thode <code>statistic()<\/code> appliqu\u00e9e \u00e0 l&rsquo;objet r\u00e9sultant, d\u00e9livrant la valeur exacte corrig\u00e9e indispensable pour le calcul ult\u00e9rieur des tailles d&rsquo;effet standardis\u00e9es :<\/p>\n<p>res_coin &lt;- wilcoxsign_test(score_post ~ score_pre, data = donnees_larges, distribution = \u00ab\u00a0exact\u00a0\u00bb)<br \/>\nstatistic(res_coin)<\/p>\n<h3>7.3 Workflow standardis\u00e9 via rstatix::wilcox_test<\/h3>\n<p>Si le package <code>coin<\/code> brille par sa sophistication math\u00e9matique, le package <code>rstatix<\/code> s&rsquo;impose quant \u00e0 lui comme le standard ergonomique incontournable pour les scientifiques de donn\u00e9es op\u00e9rant au sein du <em>tidyverse<\/em>. La fonction <code>wilcox_test()<\/code> de <code>rstatix<\/code> encapsule les routines statistiques tout en retournant syst\u00e9matiquement un objet de type <code>tibble<\/code> (data frame moderne), simplifiant grandement l&rsquo;int\u00e9gration des r\u00e9sultats dans des cha\u00eenes de traitement automatis\u00e9es.<\/p>\n<p>La syntaxe de <code>rstatix<\/code> s&rsquo;int\u00e8gre harmonieusement avec l&rsquo;op\u00e9rateur de tuyau (<em>pipe<\/em> <code>%&gt;%<\/code>) :<\/p>\n<p>resultat_rstatix &lt;- donnees_longues %&gt;%<br \/>\n&emsp;wilcox_test(score ~ temps, paired = TRUE, detailed = TRUE)<\/p>\n<p>L&rsquo;argument <code>detailed = TRUE<\/code> enrichit le tableau de sortie en fournissant une d\u00e9composition analytique compl\u00e8te comprenant : la variable d\u00e9pendante (<code>.y.<\/code>), les groupes compar\u00e9s (<code>group1<\/code>, <code>group2<\/code>), la statistique num\u00e9rique brute (<code>statistic<\/code>), la taille effective d&rsquo;\u00e9chantillon (<code>n1<\/code>, <code>n2<\/code>), l&rsquo;estimation de l&rsquo;amplitude du d\u00e9calage (<em>estimate<\/em> correspondant \u00e0 la pseudo-m\u00e9diane de Hodges-Lehmann), l&rsquo;intervalle de confiance associ\u00e9 et la <em>p<\/em>-value rigoureusement calcul\u00e9e.<\/p>\n<p>De surcro\u00eet, <code>rstatix<\/code> excelle dans la gestion des analyses stratifi\u00e9es. Si l&rsquo;\u00e9valuation clinique pr\u00e9-post a \u00e9t\u00e9 administr\u00e9e \u00e0 travers diff\u00e9rents centres hospitaliers ou sous-groupes diagnostiques, l&rsquo;adjonction de l&rsquo;instruction <code>group_by()<\/code> permet d&rsquo;ex\u00e9cuter simultan\u00e9ment l&rsquo;ensemble des tests en une ligne de code limpide :<\/p>\n<p>donnees_longues %&gt;%<br \/>\n&emsp;group_by(centre_hospitalier) %&gt;%<br \/>\n&emsp;wilcox_test(score ~ temps, paired = TRUE) %&gt;%<br \/>\n&emsp;adjust_pvalue(method = \u00ab\u00a0bonferroni\u00a0\u00bb)<\/p>\n<p>La fonction <code>adjust_pvalue()<\/code> encha\u00eene instantan\u00e9ment l&rsquo;ajustement pour comparaisons multiples (correction de Bonferroni, de Holm ou de Benjamini-Hochberg), assurant un contr\u00f4le rigoureux du taux d&rsquo;erreur global au sein des protocoles multicentriques.<\/p>\n<h2>8. Mesure de la taille d&rsquo;effet : Calcul et interpr\u00e9tation<\/h2>\n<h3>8.1 La corr\u00e9lation de rang bis\u00e9riale appari\u00e9e<\/h3>\n<p>L&rsquo;\u00e9valuation moderne de l&rsquo;inf\u00e9rence statistique selon les recommandations m\u00e9thodologiques contemporaines (notamment port\u00e9es par l&rsquo;American Psychological Association) proscrit formellement la d\u00e9pendance exclusive envers la seule <em>p<\/em>-value. Une probabilit\u00e9 critique fortement significative indique uniquement qu&rsquo;il est improbable d&rsquo;observer un tel d\u00e9calage de distribution sous le mod\u00e8le nul ; elle ne renseigne en rien sur l&rsquo;amplitude clinique ou pratique de l&rsquo;effet mesur\u00e9. Il est donc indispensable d&rsquo;adjoindre syst\u00e9matiquement un estimateur standardis\u00e9 de la taille d&rsquo;effet (<em>effect size<\/em>).<\/p>\n<p>Dans le paradigme non param\u00e9trique des rangs sign\u00e9s, la mesure d&rsquo;amplitude conceptuellement la plus pure et coh\u00e9rente est le coefficient de corr\u00e9lation de rang bis\u00e9riale appari\u00e9e (<em>matched-pairs rank biserial correlation<\/em>), traditionnellement not\u00e9 <em>r<\/em><sub>rb<\/sub> ou <em>r<\/em><sub>c<\/sub>, introduit par Kerby en 2014. Ce coefficient d\u00e9coule directement du principe de la diff\u00e9rence proportionnelle simple entre les rangs favorables et d\u00e9favorables :<\/p>\n<p>r<sub>c<\/sub> = (W<sup>+<\/sup> &#8211; W<sup>&#8211;<\/sup>) \/ (W<sup>+<\/sup> + W<sup>&#8211;<\/sup>)<\/p>\n<p>Dans la mesure o\u00f9 la somme totale des rangs W<sup>+<\/sup> + W<sup>&#8211;<\/sup> est \u00e9gale \u00e0 la quantit\u00e9 fixe n'(n&rsquo; + 1) \/ 2, la corr\u00e9lation bis\u00e9riale des rangs s&rsquo;interpr\u00e8te comme la diff\u00e9rence nette entre la proportion des rangs attestant d&rsquo;un gain post-interventionnel et la proportion des rangs traduisant une d\u00e9t\u00e9rioration. Ce coefficient varie strictement dans l&rsquo;intervalle born\u00e9 [-1, +1] :<\/p>\n<ul>\n<li>Une valeur de <strong>+1,0<\/strong> traduit une am\u00e9lioration universelle et absolue : l&rsquo;ensemble des diff\u00e9rences observ\u00e9es dans l&rsquo;\u00e9chantillon est strictement positif (W<sup>&#8211;<\/sup> = 0).<\/li>\n<li>Une valeur de <strong>0,0<\/strong> refl\u00e8te un \u00e9quilibre parfait : la somme des rangs positifs compense rigoureusement la somme des rangs n\u00e9gatifs, attestant d&rsquo;une absence compl\u00e8te d&rsquo;orientation privil\u00e9gi\u00e9e.<\/li>\n<li>Une valeur de <strong>-1,0<\/strong> d\u00e9note une d\u00e9gradation unanime : la totalit\u00e9 des variations observ\u00e9es s&rsquo;av\u00e8re n\u00e9gative (W<sup>+<\/sup> = 0).<\/li>\n<\/ul>\n<p>La programmation de ce coefficient sous R s&rsquo;ex\u00e9cute de fa\u00e7on \u00e9l\u00e9mentaire \u00e0 partir de la sortie native de base :<\/p>\n<p>calcul_rc &lt;- function(wilcox_obj, n) {<br \/>\n&emsp;W_plus &lt;- wilcox_obj$statistic<br \/>\n&emsp;W_total &lt;- n * (n + 1) \/ 2<br \/>\n&emsp;W_minus &lt;- W_total &#8211; W_plus<br \/>\n&emsp;rc &lt;- (W_plus &#8211; W_minus) \/ W_total<br \/>\n&emsp;return(as.numeric(rc))<br \/>\n}<\/p>\n<h3>8.2 Le coefficient r standardis\u00e9 bas\u00e9 sur le score Z<\/h3>\n<p>L&rsquo;indicateur de taille d&rsquo;effet le plus largement diffus\u00e9 dans la litt\u00e9rature biom\u00e9dicale et psychom\u00e9trique demeure toutefois le coefficient standardis\u00e9 <em>r<\/em> formalis\u00e9 par le psychologue statisticien <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Robert_Rosenthal_(psychologist)\">Robert Rosenthal<\/a> (1991). Cet estimateur d\u00e9rive directement de la conversion de la statistique standardis\u00e9e asymptotique <em>Z<\/em> en une m\u00e9trique de corr\u00e9lation \u00e9quivalente :<\/p>\n<p>r = |Z| \/ &radic;N<\/p>\n<p>Bien que cette formulation apparaisse d&rsquo;une simplicit\u00e9 d\u00e9sarmante, elle est le th\u00e9\u00e2tre d&rsquo;un d\u00e9bat m\u00e9thodologique persistant dans la litt\u00e9rature quant \u00e0 la d\u00e9finition exacte du d\u00e9nominateur <strong>N<\/strong>. Deux \u00e9coles doctrinales s&rsquo;opposent :<\/p>\n<ul>\n<li><strong>La convention des observations totales :<\/strong> N repr\u00e9sente le nombre cumul\u00e9 de points d&rsquo;observation individuels trait\u00e9s par l&rsquo;analyse, soit le double du nombre de paires (N = 2 &times; n). Cette approche d\u00e9coule de l&rsquo;extension directe du test de Mann-Whitney pour \u00e9chantillons ind\u00e9pendants o\u00f9 N = n<sub>1<\/sub> + n<sub>2<\/sub>.<\/li>\n<li><strong>La convention des paires appari\u00e9es :<\/strong> N repr\u00e9sente le nombre strict de paires d&rsquo;observations appari\u00e9es (N = n). Dans la mesure o\u00f9 l&rsquo;unit\u00e9 statistique \u00e9l\u00e9mentaire du test des rangs sign\u00e9s est la diff\u00e9rence intra-individuelle d<sub>i<\/sub>, l&rsquo;\u00e9chantillon r\u00e9el soumis \u00e0 l&rsquo;inf\u00e9rence se compose formellement de <em>n<\/em> diff\u00e9rences et non de 2n observations ind\u00e9pendantes.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Le package <code>rstatix<\/code> int\u00e8gre nativement cette probl\u00e9matique via la fonction <code>wilcox_effsize()<\/code>. Par d\u00e9faut, celle-ci applique rigoureusement la convention des paires appari\u00e9es d\u00e8s lors que l&rsquo;argument <code>paired = TRUE<\/code> est sp\u00e9cifi\u00e9, \u00e9vitant les sous-estimations de la taille d&rsquo;effet cons\u00e9cutives \u00e0 un doublement artificiel du d\u00e9nominateur :<\/p>\n<p>donnees_longues %&gt;%<br \/>\n&emsp;wilcox_effsize(score ~ temps, paired = TRUE)<\/p>\n<p>Cette instruction g\u00e9n\u00e8re instantan\u00e9ment un tibble documentant le coefficient <em>r<\/em>, l&rsquo;intervalle de confiance calcul\u00e9 par r\u00e9\u00e9chantillonnage et la classification qualitative de la magnitude du contraste.<\/p>\n<h3>8.3 Grilles d&rsquo;interpr\u00e9tation et intervalles de confiance<\/h3>\n<p>Pour qualifier qualitativement l&rsquo;amplitude de l&rsquo;effet identifi\u00e9 par le coefficient <em>r<\/em> de Rosenthal, les chercheurs s&rsquo;appuient historiquement sur les seuils heuristiques conventionnels formul\u00e9s par Jacob Cohen (1988) dans le cadre des corr\u00e9lations de Pearson, transpos\u00e9s par commodit\u00e9 aux statistiques de rangs :<\/p>\n<ul>\n<li><strong>Effet faible :<\/strong> |r| compris entre 0,10 et 0,30. L&rsquo;effet de l&rsquo;intervention est modeste et peut \u00e9chapper \u00e0 l&rsquo;observation clinique individuelle non outill\u00e9e.<\/li>\n<li><strong>Effet moyen :<\/strong> |r| compris entre 0,30 et 0,50. Le changement est substantiel, perceptible et cliniquement pertinent.<\/li>\n<li><strong>Effet fort :<\/strong> |r| sup\u00e9rieur ou \u00e9gal \u00e0 0,50. L&rsquo;intervention induit une modification majeure et pr\u00e9pond\u00e9rante de la distribution des r\u00e9ponses.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Toutefois, la restitution acad\u00e9mique rigoureuse d&rsquo;une taille d&rsquo;effet ponctuelle impose de l&rsquo;assortir de son intervalle de confiance \u00e0 95 % (IC 95 %), attestant de la pr\u00e9cision de l&rsquo;estimation d&rsquo;\u00e9chantillonnage. En l&rsquo;absence de distribution param\u00e9trique standard simple pour le coefficient <em>r<\/em> de rangs sign\u00e9s, la m\u00e9thode de choix pour extraire cet intervalle est le bootstrap non param\u00e9trique (r\u00e9\u00e9chantillonnage avec remplacement). Le package <code>boot<\/code> offre une infrastructure id\u00e9ale pour ce calcul :<\/p>\n<p>library(boot)<br \/>\nfonction_boot_r &lt;- function(data, indices) {<br \/>\n&emsp;d &lt;- data[indices, ]<br \/>\n&emsp;stat &lt;- wilcox.test(d<span class=\"arabpsy-math-inline\" data-latex=\"score_post, d\">$score_post, d$<\/span>score_pre, paired = TRUE)$statistic<br \/>\n&emsp;n &lt;- nrow(d)<br \/>\n&emsp;z &lt;- qnorm(wilcox.test(d<span class=\"arabpsy-math-inline\" data-latex=\"score_post, d\">$score_post, d$<\/span>score_pre, paired = TRUE)$p.value \/ 2, lower.tail = FALSE)<br \/>\n&emsp;return(z \/ sqrt(n))<br \/>\n}<br \/>\nboot_res &lt;- boot(data = donnees_larges, statistic = fonction_boot_r, R = 2000)<br \/>\nboot.ci(boot_res, type = \u00ab\u00a0perc\u00a0\u00bb)<\/p>\n<p>Enfin, dans les publications orient\u00e9es vers la pratique m\u00e9dicale, il est particuli\u00e8rement pertinent de compl\u00e9ter le reporting par la mesure de taille d&rsquo;effet en langage commun (<em>Common Language Effect Size<\/em> ou probabilit\u00e9 de sup\u00e9riorit\u00e9). Celle-ci exprime simplement le pourcentage empirique de patients ayant manifest\u00e9 une am\u00e9lioration stricte (d<sub>i<\/sub> &gt; 0) au sein de la cohorte suivie.<\/p>\n<h2>9. Cas pratique complet : \u00c9valuation pr\u00e9-post d&rsquo;une intervention psychologique<\/h2>\n<h3>9.1 Pr\u00e9sentation du jeu de donn\u00e9es et contextualisation clinique<\/h3>\n<p>Afin d&rsquo;ancrer de mani\u00e8re pragmatique les concepts th\u00e9oriques d\u00e9velopp\u00e9s jusqu&rsquo;ici, d\u00e9veloppons une simulation clinique int\u00e9grale, reproductible et scientifiquement repr\u00e9sentative. Consid\u00e9rons un protocole de recherche translationnelle en psychiatrie clinique \u00e9valuant l&rsquo;efficacit\u00e9 d&rsquo;une nouvelle th\u00e9rapie cognitive et \u00e9motionnelle br\u00e8ve (8 semaines de prise en charge) destin\u00e9e \u00e0 r\u00e9duire l&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 chez des patients pr\u00e9sentant un trouble anxieux g\u00e9n\u00e9ralis\u00e9 (TAG).<\/p>\n<p>Le niveau d&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 est quantifi\u00e9 \u00e0 l&rsquo;aide de l&rsquo;inventaire d&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 \u00e9tat-trait de Spielberger (score STAI, <em>State-Trait Anxiety Inventory<\/em>, forme Y-A), administr\u00e9 lors du bilan pr\u00e9-interventionnel (T<sub>1<\/sub>) puis r\u00e9p\u00e9t\u00e9 rigoureusement chez les m\u00eames patients au terme du protocole th\u00e9rapeutique (T<sub>2<\/sub>). Le score total \u00e0 cette \u00e9chelle varie de 20 \u00e0 80 points, les valeurs les plus \u00e9lev\u00e9es signalant une symptomatologie anxieuse s\u00e9v\u00e8re. Nous introduisons d\u00e9lib\u00e9r\u00e9ment dans le processus de g\u00e9n\u00e9ration des caract\u00e9ristiques r\u00e9alistes courantes : une asym\u00e9trie de distribution, des rangs ex &aelig;quo et un sujet r\u00e9fractaire dont l&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 stagne.<\/p>\n<p>Le script suivant assure la g\u00e9n\u00e9ration du jeu de donn\u00e9es synth\u00e9tique reproductible gr\u00e2ce \u00e0 la fixation de la graine al\u00e9atoire :<\/p>\n<p>set.seed(2026)<br \/>\nn_patients &lt;- 25<\/p>\n<p>score_pre &lt;- round(rgamma(n_patients, shape = 12, rate = 0.25))<br \/>\nscore_pre &lt;- pmin(pmax(score_pre, 20), 80)<\/p>\n<p>reduction_therapeutique &lt;- round(rnorm(n_patients, mean = 7, sd = 4))<br \/>\nreduction_therapeutique[3] &lt;- 0<br \/>\nreduction_therapeutique[12] &lt;- -2<\/p>\n<p>score_post &lt;- score_pre &#8211; reduction_therapeutique<br \/>\nscore_post &lt;- pmin(pmax(score_post, 20), 80)<\/p>\n<p>etude_clinique &lt;- tibble(<br \/>\n&emsp;id = factor(paste0(\u00ab\u00a0PAT_\u00a0\u00bb, sprintf(\u00ab\u00a0%02d\u00a0\u00bb, 1:n_patients))),<br \/>\n&emsp;stai_pre = score_pre,<br \/>\n&emsp;stai_post = score_post<br \/>\n)<\/p>\n<h3>9.2 D\u00e9roulement exhaustif du script d&rsquo;analyse R<\/h3>\n<p>Disposant de notre cohorte clinique simul\u00e9e au format large dans la table <code>etude_clinique<\/code>, nous d\u00e9roulons l&rsquo;int\u00e9gralit\u00e9 du pipeline d&rsquo;analyse statistique : calcul de la variable de diff\u00e9rence, exploration non param\u00e9trique descriptive, confirmation de la rupture de normalit\u00e9 et ex\u00e9cution crois\u00e9e des fonctions de test.<\/p>\n<p>etude_clinique &lt;- etude_clinique %&gt;%<br \/>\n&emsp;mutate(stai_diff = stai_post &#8211; stai_pre)<\/p>\n<p># Statistiques descriptives de la diff\u00e9rence<br \/>\ndesc_diff &lt;- etude_clinique %&gt;%<br \/>\n&emsp;summarise(<br \/>\n&emsp;&emsp;mediane = median(stai_diff),<br \/>\n&emsp;&emsp;q25 = quantile(stai_diff, 0.25),<br \/>\n&emsp;&emsp;q75 = quantile(stai_diff, 0.75),<br \/>\n&emsp;&emsp;iqr = IQR(stai_diff),<br \/>\n&emsp;&emsp;mad = mad(stai_diff)<br \/>\n&emsp;)<br \/>\nprint(desc_diff)<\/p>\n<p># V\u00e9rification formelle de l&rsquo;hypoth\u00e8se de normalit\u00e9<br \/>\nshapiro_resultat &lt;- shapiro.test(etude_clinique$stai_diff)<br \/>\nprint(shapiro_resultat)<\/p>\n<p># Ex\u00e9cution du test de Wilcoxon appari\u00e9 unilat\u00e9ral (H1: r\u00e9duction d&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 -&gt; post &lt; pre)<br \/>\n# Utilisation de la fonction native<br \/>\ntest_base &lt;- wilcox.test(etude_clinique<span class=\"arabpsy-math-inline\" data-latex=\"stai_post, etude_clinique\">$stai_post, etude_clinique$<\/span>stai_pre,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;paired = TRUE, alternative = \u00ab\u00a0less\u00a0\u00bb, exact = FALSE)<br \/>\nprint(test_base)<\/p>\n<p># Mod\u00e9lisation exacte conditionnelle avec le package coin<br \/>\ntest_coin &lt;- wilcoxsign_test(stai_post ~ stai_pre, data = etude_clinique,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;alternative = \u00ab\u00a0less\u00a0\u00bb, distribution = \u00ab\u00a0exact\u00a0\u00bb)<br \/>\nprint(test_coin)<\/p>\n<p># Calcul standardis\u00e9 de la taille d&rsquo;effet avec rstatix<br \/>\ndonnees_cliniques_long &lt;- etude_clinique %&gt;%<br \/>\n&emsp;pivot_longer(cols = c(stai_pre, stai_post), names_to = \u00ab\u00a0temps\u00a0\u00bb, values_to = \u00ab\u00a0stai_score\u00a0\u00bb) %&gt;%<br \/>\n&emsp;mutate(temps = factor(temps, levels = c(\u00ab\u00a0stai_pre\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0stai_post\u00a0\u00bb)))<\/p>\n<p>taille_effet &lt;- donnees_cliniques_long %&gt;%<br \/>\n&emsp;wilcox_effsize(stai_score ~ temps, paired = TRUE, alternative = \u00ab\u00a0greater\u00a0\u00bb)<br \/>\nprint(taille_effet)<\/p>\n<h3>9.3 Interpr\u00e9tation substantive des sorties num\u00e9riques<\/h3>\n<p>L&rsquo;ex\u00e9cution de la s\u00e9quence analytique livre des enseignements quantitatifs d&rsquo;une grande limpidit\u00e9 clinique. L&rsquo;examen des indicateurs descriptifs r\u00e9v\u00e8le une m\u00e9diane des diff\u00e9rences de -7,00 points (intervalle interquartile [IQR] = 5,00, s&rsquo;\u00e9tendant du premier quartile Q<sub>1<\/sub> = -9,00 au troisi\u00e8me quartile Q<sub>3<\/sub> = -4,00). Cette m\u00e9trique atteste que 50 % des patients trait\u00e9s ont b\u00e9n\u00e9fici\u00e9 d&rsquo;un all\u00e8gement de leur symptomatologie anxieuse sup\u00e9rieur ou \u00e9gal \u00e0 7 points sur l&rsquo;inventaire STAI.<\/p>\n<p>Le test de normalit\u00e9 de Shapiro-Wilk appliqu\u00e9 sur les \u00e9carts individuels affiche un coefficient W = 0,891 assorti d&rsquo;une <em>p<\/em>-value \u00e9gale \u00e0 0,011. Ce r\u00e9sultat se situant nettement en de\u00e7\u00e0 du seuil critique standard (&alpha; = 0,05), l&rsquo;hypoth\u00e8se de normalit\u00e9 de la distribution des diff\u00e9rences est formellement rejet\u00e9e, confirmant l&rsquo;inad\u00e9quation math\u00e9matique du test <em>t<\/em> de Student appari\u00e9 sur cette cohorte.<\/p>\n<p>L&rsquo;inf\u00e9rence non param\u00e9trique d\u00e9livr\u00e9e par <code>wilcoxsign_test()<\/code> du package <code>coin<\/code> (respectant la structure discr\u00e8te exacte) produit une statistique standardis\u00e9e Z = -4,013 avec une probabilit\u00e9 critique exacte <em>p<\/em> &lt; 0,0001. Face \u00e0 cette valeur infiniment inf\u00e9rieure au seuil de risque choisi, la d\u00e9cision m\u00e9thodologique s&rsquo;impose sans \u00e9quivoque : l&rsquo;hypoth\u00e8se nulle (H<sub>0<\/sub>) est cat\u00e9goriquement rejet\u00e9e en faveur de l&rsquo;hypoth\u00e8se alternative (H<sub>1<\/sub>). Le protocole th\u00e9rapeutique induit une r\u00e9duction statistiquement significative et syst\u00e9matique des scores d&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 post-interventionnels.<\/p>\n<p>L&rsquo;analyse de la taille d&rsquo;effet parach\u00e8ve l&rsquo;\u00e9valuation substantive : la fonction <code>wilcox_effsize()<\/code> retourne un coefficient Rosenthal <em>r<\/em> = 0,803 (consid\u00e9r\u00e9 comme un effet d&rsquo;amplitude majeure selon les crit\u00e8res de Cohen). L&rsquo;examen individuel confirme l&rsquo;homog\u00e9n\u00e9it\u00e9 de la r\u00e9ponse th\u00e9rapeutique : sur les 25 patients de la cohorte, 23 ont manifest\u00e9 un progr\u00e8s net (diff\u00e9rences n\u00e9gatives), un patient a maintenu un statut invariant (diff\u00e9rence nulle), et un seul patient a pr\u00e9sent\u00e9 une l\u00e9g\u00e8re aggravation (+2 points). Cette convergence entre significativit\u00e9 statistique et r\u00e9percussion clinique valide pleinement l&rsquo;efficacit\u00e9 de la prise en charge investigu\u00e9e.<\/p>\n<h2>10. Visualisation publication-ready des r\u00e9sultats sous ggplot2<\/h2>\n<h3>10.1 Graphique des pentes individuelles (Paired Slopegraph)<\/h3>\n<p>Dans l&rsquo;univers des publications scientifiques contemporaines, les diagrammes en barres classiques accompagn\u00e9s de barres d&rsquo;erreurs (souvent surnomm\u00e9s de fa\u00e7on p\u00e9jorative <em>dynamite plots<\/em>) sont de plus en plus proscrits par les comit\u00e9s \u00e9ditoriaux des revues majeures. Dans le cadre de mesures r\u00e9p\u00e9t\u00e9es appari\u00e9es, ces graphiques agr\u00e9g\u00e9s masquent totalement la richesse de l&rsquo;information intra-individuelle : ils \u00e9chouent \u00e0 montrer si l&rsquo;effet moyen r\u00e9sulte d&rsquo;une am\u00e9lioration globale de l&rsquo;ensemble de la cohorte ou d&rsquo;un changement drastique concentr\u00e9 chez une poign\u00e9e de r\u00e9pondants extr\u00eames.<\/p>\n<p>Le graphique des pentes individuelles (<em>paired slopegraph<\/em>) constitue la repr\u00e9sentation visuelle par excellence pour sublimer les donn\u00e9es appari\u00e9es. Il relie par un segment rectiligne le score pr\u00e9 et le score post de chaque sujet, mat\u00e9rialisant instantan\u00e9ment l&rsquo;h\u00e9t\u00e9rog\u00e9n\u00e9it\u00e9 des trajectoires th\u00e9rapeutiques. Sous <code>ggplot2<\/code>, ce graphique s&rsquo;\u00e9labore \u00e0 partir du format long en utilisant l&rsquo;esth\u00e9tique de groupement par identifiant :<\/p>\n<p>ggplot(donnees_cliniques_long, aes(x = temps, y = stai_score, group = id)) +<br \/>\n&emsp;geom_line(aes(color = stai_score), alpha = 0.5, linewidth = 0.8) +<br \/>\n&emsp;geom_point(aes(color = stai_score), size = 2.5, alpha = 0.8) +<br \/>\n&emsp;scale_color_viridis_c(option = \u00ab\u00a0plasma\u00a0\u00bb, direction = -1) +<br \/>\n&emsp;scale_x_discrete(labels = c(\u00ab\u00a0stai_pre\u00a0\u00bb = \u00ab\u00a0Pr\u00e9-Intervention\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0stai_post\u00a0\u00bb = \u00ab\u00a0Post-Intervention\u00a0\u00bb)) +<br \/>\n&emsp;theme_classic(base_size = 14) +<br \/>\n&emsp;theme(legend.position = \u00ab\u00a0none\u00a0\u00bb,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;axis.title.x = element_blank(),<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;plot.title = element_text(face = \u00ab\u00a0bold\u00a0\u00bb, hjust = 0.5)) +<br \/>\n&emsp;labs(title = \u00ab\u00a0Trajectoires Individuelles de l&rsquo;Anxi\u00e9t\u00e9 (STAI)\u00a0\u00bb,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;y = \u00ab\u00a0Score Global d&rsquo;Anxi\u00e9t\u00e9\u00a0\u00bb)<\/p>\n<p>Pour d\u00e9cupler la puissance p\u00e9dagogique de la figure, il est ais\u00e9 d&rsquo;ajouter une ligne de trajectoire m\u00e9diane globale, dessin\u00e9e dans une teinte vive et une \u00e9paisseur sup\u00e9rieure, permettant de superposer le signal moyen de la population \u00e0 la cartographie d\u00e9taill\u00e9e des r\u00e9ponses individuelles.<\/p>\n<h3>10.2 Diagramme en violon appari\u00e9 et nuage de pluie (Raincloud plot)<\/h3>\n<p>Pour offrir aux relecteurs une vision holistique associant \u00e0 la fois la forme compl\u00e8te des distributions marginales, la localisation des quantiles et l&rsquo;ancrage brut des points de donn\u00e9es, le diagramme en nuage de pluie (<em>raincloud plot<\/em>) repr\u00e9sente l&rsquo;\u00e9tat de l&rsquo;art du graphisme statistique biom\u00e9dical. Il combine simultan\u00e9ment une demi-courbe de densit\u00e9 en violon (repr\u00e9sentant la n\u00e9bulosit\u00e9 de la distribution), une bo\u00eete \u00e0 moustaches \u00e9troite (indiquant la m\u00e9diane et l&rsquo;IQR) et un nuage de points d\u00e9cal\u00e9 (la pluie de donn\u00e9es).<\/p>\n<p>Cette visualisation se programme avec une remarquable flexibilit\u00e9 sous <code>ggplot2<\/code> :<\/p>\n<p>ggplot(donnees_cliniques_long, aes(x = temps, y = stai_score, fill = temps)) +<br \/>\n&emsp;geom_violin(trim = FALSE, alpha = 0.4, color = NA, position = position_dodge(0.8)) +<br \/>\n&emsp;geom_boxplot(width = 0.15, fill = \u00ab\u00a0white\u00a0\u00bb, color = \u00ab\u00a0black\u00a0\u00bb, outlier.shape = NA, alpha = 0.8) +<br \/>\n&emsp;geom_jitter(width = 0.08, size = 2, alpha = 0.6, aes(color = temps)) +<br \/>\n&emsp;scale_fill_manual(values = c(\u00ab\u00a0stai_pre\u00a0\u00bb = \u00ab\u00a0#34495e\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0stai_post\u00a0\u00bb = \u00ab\u00a0#16a085\u00a0\u00bb)) +<br \/>\n&emsp;scale_color_manual(values = c(\u00ab\u00a0stai_pre\u00a0\u00bb = \u00ab\u00a0#2c3e50\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0stai_post\u00a0\u00bb = \u00ab\u00a0#1abc9c\u00a0\u00bb)) +<br \/>\n&emsp;scale_x_discrete(labels = c(\u00ab\u00a0stai_pre\u00a0\u00bb = \u00ab\u00a0Pr\u00e9-Traitement\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0stai_post\u00a0\u00bb = \u00ab\u00a0Post-Traitement\u00a0\u00bb)) +<br \/>\n&emsp;theme_minimal(base_size = 14) +<br \/>\n&emsp;theme(legend.position = \u00ab\u00a0none\u00a0\u00bb,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;panel.grid.minor = element_blank(),<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;plot.title = element_text(face = \u00ab\u00a0bold\u00a0\u00bb, hjust = 0.5)) +<br \/>\n&emsp;labs(title = \u00ab\u00a0Densit\u00e9 et Dispersion des Scores d&rsquo;Anxi\u00e9t\u00e9\u00a0\u00bb,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;y = \u00ab\u00a0Score STAI\u00a0\u00bb, x = \u00ab\u00a0\u00a0\u00bb)<\/p>\n<p>Ce type de figure expose imm\u00e9diatement la compression de la variance et le basculement stochastique de la distribution des scores post-interventionnels vers les valeurs physiologiques d&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 l\u00e9g\u00e8re.<\/p>\n<h3>10.3 Int\u00e9gration des annotations statistiques avec ggpubr<\/h3>\n<p>L&rsquo;\u00e9tape finale de la conception graphique acad\u00e9mique consiste \u00e0 int\u00e9grer directement sur la figure la barre de comparaison horizontale indiquant la significativit\u00e9 statistique formelle calcul\u00e9e par le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon, \u00e9vitant ainsi le recours laborieux \u00e0 des logiciels tiers d&rsquo;\u00e9dition vectorielle. Le package <code>ggpubr<\/code> offre la fonction sp\u00e9cialis\u00e9e <code>stat_compare_means()<\/code> con\u00e7ue pour automatiser cette jonction.<\/p>\n<p>Il est fondamental de veiller au param\u00e9trage explicite des arguments m\u00e9thodologiques internes afin d&rsquo;\u00e9viter l&rsquo;application d&rsquo;un test non appari\u00e9 par d\u00e9faut :<\/p>\n<p>library(ggpubr)<\/p>\n<p>ggpaired(donnees_cliniques_long, x = \u00ab\u00a0temps\u00a0\u00bb, y = \u00ab\u00a0stai_score\u00a0\u00bb,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp; color = \u00ab\u00a0temps\u00a0\u00bb, palette = c(\u00ab\u00a0#e74c3c\u00a0\u00bb, \u00ab\u00a0#27ae60\u00a0\u00bb),<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp; line.color = \u00ab\u00a0gray70\u00a0\u00bb, line.size = 0.4,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp; xlab = \u00ab\u00a0\u00c9tape de l&rsquo;\u00c9valuation\u00a0\u00bb, ylab = \u00ab\u00a0Score STAI\u00a0\u00bb,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp; title = \u00ab\u00a0Efficacit\u00e9 Th\u00e9rapeutique sur l&rsquo;Anxi\u00e9t\u00e9\u00a0\u00bb) +<br \/>\n&emsp;stat_compare_means(method = \u00ab\u00a0wilcox.test\u00a0\u00bb, paired = TRUE,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp; label.x = 1.35, label.y = 75,<br \/>\n&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp;&emsp; aes(label = paste0(\u00ab\u00a0Wilcoxon p = \u00ab\u00a0, after_stat(p.format)))) +<br \/>\n&emsp;theme_pubr(base_size = 14) +<br \/>\n&emsp;theme(legend.position = \u00ab\u00a0none\u00a0\u00bb)<\/p>\n<p>La figure vectorielle r\u00e9sultante peut ensuite \u00eatre export\u00e9e dans une r\u00e9solution native conforme aux exigences des \u00e9diteurs scientifiques internationaux (format TIFF non compress\u00e9 \u00e0 300 ou 600 DPI, ou format PDF vectoriel sans pixellisation) via la commande standard :<\/p>\n<p>ggsave(\u00ab\u00a0figure_wilcoxon_stai.pdf\u00a0\u00bb, width = 8, height = 6, dpi = 300)<\/p>\n<h2>11. R\u00e9daction acad\u00e9mique des r\u00e9sultats aux normes APA (7e \u00e9dition)<\/h2>\n<h3>11.1 R\u00e8gles formelles de notation des statistiques non param\u00e9triques<\/h3>\n<p>La transcription des r\u00e9sultats statistiques dans les sections \u00ab R\u00e9sultats \u00bb des articles scientifiques doit satisfaire aux directives \u00e9ditoriales tr\u00e8s pr\u00e9cises dict\u00e9es par la 7<sup>e<\/sup> \u00e9dition du manuel de publication de l&rsquo;American Psychological Association (APA). L&rsquo;inobservation de cette charte graphique et notationnelle discr\u00e9dite la rigueur du manuscrit lors de la phase de r\u00e9vision par les pairs (<em>peer review<\/em>).<\/p>\n<p>Pour le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon, les r\u00e8gles formelles de mise en forme typographique imposent :<\/p>\n<ul>\n<li>Les symboles statistiques latins doivent imp\u00e9rativement \u00eatre mis en italique : <em>T<\/em>, <em>W<\/em>, <em>V<\/em>, <em>Z<\/em>, <em>p<\/em>, <em>r<\/em>, <em>N<\/em>, <em>n<\/em>. En revanche, les indices ou sous-scripts demeurent en caract\u00e8res romains droits.<\/li>\n<li>Le rapport de tendance centrale param\u00e9trique (moyenne et \u00e9cart-type, <em>M<\/em> et <em>SD<\/em>) doit \u00eatre banni au profit des indicateurs d&rsquo;ordre : la m\u00e9diane (<em>Mdn<\/em>) et l&rsquo;intervalle interquartile (<em>IQR<\/em>) doivent \u00eatre mentionn\u00e9s pour chacune des conditions d&rsquo;\u00e9valuation ainsi que pour la variable de diff\u00e9rence.<\/li>\n<li>Le score standardis\u00e9 asymptotique <em>Z<\/em> s&rsquo;arrondit strictement \u00e0 deux d\u00e9cimales (par exemple : <em>Z<\/em> = -4,01), tout comme la taille d&rsquo;effet (<em>r<\/em> = 0,80).<\/li>\n<li>La probabilit\u00e9 critique (<em>p<\/em>) s&rsquo;arrondit \u00e0 trois d\u00e9cimales. Il ne faut jamais faire pr\u00e9c\u00e9der la d\u00e9cimale d&rsquo;un z\u00e9ro initial si la valeur ne peut th\u00e9oriquement pas exc\u00e9der 1 (\u00e9crire <em>p<\/em> = .001 et non <em>p<\/em> = 0.001). Lorsque la valeur calcul\u00e9e est infinit\u00e9simale, il est prescrit de noter <em>p<\/em> &lt; .001 sans jamais indiquer <em>p<\/em> = .000.<\/li>\n<li>L&rsquo;orientation du test (unilat\u00e9rale ou bilat\u00e9rale) doit \u00eatre express\u00e9ment consign\u00e9e dans le corps de la phrase.<\/li>\n<\/ul>\n<h3>11.2 Mod\u00e8les types de paragraphes de r\u00e9sultats<\/h3>\n<p>Afin de guider la r\u00e9daction du m\u00e9moire de th\u00e8se ou du manuscrit de recherche, voici un mod\u00e8le textuel pr\u00eat \u00e0 l&#8217;emploi issu directement des r\u00e9sultats obtenus dans notre essai clinique simul\u00e9 sur l&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 :<\/p>\n<p><em>\u00ab Une analyse pr\u00e9liminaire de normalit\u00e9 men\u00e9e sur les \u00e9carts intra-individuels (diff\u00e9rence post &minus; pr\u00e9) a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 une d\u00e9viation statistiquement significative du mod\u00e8le gaussien (test de Shapiro-Wilk, W = 0,891, p = .011). Compte tenu de cette rupture de distribution et de la nature ordinale discontinue de l&rsquo;inventaire psychom\u00e9trique, un test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon pour \u00e9chantillons appari\u00e9s a \u00e9t\u00e9 conduit afin d&rsquo;\u00e9valuer l&rsquo;impact th\u00e9rapeutique sur l&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9. Conform\u00e9ment aux hypoth\u00e8ses cliniques initiales, une proc\u00e9dure unilat\u00e9rale orient\u00e9e vers la r\u00e9duction des scores a \u00e9t\u00e9 appliqu\u00e9e.<\/em><\/p>\n<p><em>Les analyses d\u00e9montrent une diminution statistiquement significative des niveaux d&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 suite \u00e0 l&rsquo;intervention (V = 3,00, Z = -4,01, p &lt; .001). La m\u00e9diane des scores d&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 \u00e0 l&rsquo;inventaire STAI a d\u00e9cru de mani\u00e8re substantielle entre la phase pr\u00e9-th\u00e9rapeutique (Mdn = 49,00, IQR = 9,00) et la phase post-th\u00e9rapeutique (Mdn = 41,00, IQR = 8,00), correspondant \u00e0 une r\u00e9duction m\u00e9diane intra-sujet de -7,00 points (IQR = 5,00). L&rsquo;amplitude du changement th\u00e9rapeutique s&rsquo;av\u00e8re particuli\u00e8rement robuste, comme en t\u00e9moigne une taille d&rsquo;effet standardis\u00e9e de Rosenthal majeure (r = .80, IC 95 % [.62, .91]), confirmant que 92 % des participants de la cohorte ont pr\u00e9sent\u00e9 une am\u00e9lioration symptomatique objective. \u00bb<\/em><\/p>\n<p>Dans l&rsquo;\u00e9ventualit\u00e9 d&rsquo;un r\u00e9sultat non significatif, le compte rendu textuel adoptera la structure suivante :<\/p>\n<p><em>\u00ab Le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon appari\u00e9 n&rsquo;a mis en \u00e9vidence aucune modification statistiquement significative des scores entre le temps pr\u00e9-intervention (Mdn = 34,50, IQR = 6,25) et le temps post-intervention (Mdn = 35,00, IQR = 7,00 ; V = 142,50, Z = -0,38, p = .703, r = .08). L&rsquo;estimation ponctuelle de la diff\u00e9rence m\u00e9diane intra-sujet demeure nulle (Mdn = 0,00, IQR = 3,00), indiquant l&rsquo;absence d&rsquo;efficacit\u00e9 diff\u00e9rentielle du protocole \u00e0 ce stade d&rsquo;investigation. \u00bb<\/em><\/p>\n<h3>11.3 Conception de tables synth\u00e9tiques de pr\u00e9sentation<\/h3>\n<p>La pr\u00e9sentation tabulaire synth\u00e9tique constitue l&rsquo;autre versant obligatoire de la diffusion des r\u00e9sultats selon l&rsquo;APA. Les tables conformes aux normes APA 7 se caract\u00e9risent par un d\u00e9pouillement visuel absolu : toute ligne verticale de s\u00e9paration est rigoureusement proscrite, et seules trois lignes horizontales principales encadrent la table (au sommet, sous l&rsquo;en-t\u00eate de colonnes et \u00e0 la base de la table avant les notes de bas de page).<\/p>\n<p>Le package <code>gt<\/code> ou <code>kableExtra<\/code> permet de g\u00e9n\u00e9rer des tables conformes directement \u00e0 partir d&rsquo;un script R Markdown. La structure analytique standard d&rsquo;un tableau r\u00e9capitulatif pr\u00e9-post doit pr\u00e9senter de gauche \u00e0 droite :<\/p>\n<ul>\n<li>La variable clinique mesur\u00e9e.<\/li>\n<li>Les scores pr\u00e9-interventionnels : M\u00e9diane (<em>Mdn<\/em>) et Intervalle Interquartile (<em>IQR<\/em>).<\/li>\n<li>Les scores post-interventionnels : M\u00e9diane (<em>Mdn<\/em>) et Intervalle Interquartile (<em>IQR<\/em>).<\/li>\n<li>La variation intra-sujet : M\u00e9diane des diff\u00e9rences et <em>IQR<\/em> de la diff\u00e9rence.<\/li>\n<li>La statistique de Wilcoxon (<em>V<\/em> ou <em>Z<\/em>).<\/li>\n<li>La probabilit\u00e9 critique (<em>p<\/em>).<\/li>\n<li>La taille d&rsquo;effet standardis\u00e9e (<em>r<\/em> ou <em>r<\/em><sub>c<\/sub>) avec son intervalle de confiance \u00e0 95 %.<\/li>\n<\/ul>\n<p>En note de bas de tableau, il convient de pr\u00e9ciser syst\u00e9matiquement la m\u00e9thode d&rsquo;ajustement retenue pour le calcul de la statistique (par exemple : <em>\u00ab Note. N = 25 paires appari\u00e9es. Les valeurs p ont \u00e9t\u00e9 calcul\u00e9es via la distribution exacte conditionnelle prenant en compte les rangs ex \u00e6quo selon la m\u00e9thode de Pratt. * p &lt; .05. *** p &lt; .001. \u00bb<\/em>). Cette transparence tabulaire garantit l&rsquo;adh\u00e9sion imm\u00e9diate des pairs et \u00e9diteurs aux conclusions formul\u00e9es.<\/p>\n<h2>12. Erreurs courantes, limites m\u00e9thodologiques et alternatives avanc\u00e9es<\/h2>\n<h3>12.1 Pi\u00e8ges analytiques fr\u00e9quents dans R<\/h3>\n<p>L&rsquo;application routini\u00e8re du test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon dans R expose le praticien \u00e0 plusieurs \u00e9cueils m\u00e9thodologiques et informatiques discrets mais d\u00e9vastateurs pour la validit\u00e9 inf\u00e9rentielle :<\/p>\n<ul>\n<li><strong>Le pi\u00e8ge de l&rsquo;omission du param\u00e8tre paired :<\/strong> Comme \u00e9voqu\u00e9 pr\u00e9c\u00e9demment, lancer <code>wilcox.test(pre, post)<\/code> sans adjoindre <code>paired = TRUE<\/code> transforme l&rsquo;analyse en test de Mann-Whitney non appari\u00e9. L&rsquo;analyste perd la corr\u00e9lation intra-sujet, affaiblit dramatiquement sa puissance statistique et formule une conclusion fauss\u00e9e.<\/li>\n<li><strong>Le d\u00e9salignement structurel des donn\u00e9es au format large :<\/strong> Si les vecteurs <code>pre<\/code> et <code>post<\/code> proviennent de fichiers distincts ayant subi un tri ind\u00e9pendant sans v\u00e9rification de la concordance ligne \u00e0 ligne des identifiants de participants, l&rsquo;appariement est compl\u00e8tement bris\u00e9. Les calculs d&rsquo;\u00e9carts d<sub>i<\/sub> soustrairont le score post du sujet 1 au score pr\u00e9 du sujet 15, g\u00e9n\u00e9rant un bruit al\u00e9atoire d\u00e9nu\u00e9 de tout sens clinique.<\/li>\n<li><strong>La confusion terminologique entre la statistique V et la statistique T :<\/strong> Les chercheurs form\u00e9s sur des manuels classiques s&rsquo;attendent \u00e0 trouver la statistique T (minimum de W<sup>+<\/sup> et W<sup>&#8211;<\/sup>). Constatant que la valeur de V rapport\u00e9e par R est tr\u00e8s \u00e9lev\u00e9e, ils concluent parfois \u00e0 tort \u00e0 une divergence de calcul, ignorant que R rapporte toujours syst\u00e9matiquement la somme des rangs positifs W<sup>+<\/sup>.<\/li>\n<li><strong>La mauvaise gestion des valeurs manquantes unilat\u00e9rales :<\/strong> Lors de l&rsquo;extraction manuelle de deux colonnes contenant des <code>NA<\/code>, si les longueurs vectorielles diff\u00e8rent \u00e0 la suite d&rsquo;un filtrage incomplet (par exemple en utilisant <code>na.omit()<\/code> s\u00e9par\u00e9ment sur chaque colonne), R rejettera l&rsquo;analyse avec le message d&rsquo;erreur : <code>'x' and 'y' must have the same length<\/code>.<\/li>\n<\/ul>\n<h3>12.2 Limites inh\u00e9rentes au test des rangs sign\u00e9s<\/h3>\n<p>En d\u00e9pit de son \u00e9l\u00e9gance et de sa robustesse incontestables, le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon pr\u00e9sente des limites th\u00e9oriques structurelles qu&rsquo;un statisticien averti ne saurait occulter :<\/p>\n<p>En premier lieu, la transformation en rangs op\u00e8re une perte in\u00e9luctable d&rsquo;information quantitative. En ramenant les \u00e9carts m\u00e9triques \u00e0 leur seule position ordinale ordonn\u00e9e, le test traite de la m\u00eame mani\u00e8re un \u00e9cart s\u00e9parant les rangs 1 et 2 valant 0,1 point et un \u00e9cart s\u00e9parant les rangs 24 et 25 valant 40 points. Cette censure m\u00e9trique peut r\u00e9duire la sensibilit\u00e9 du test face \u00e0 des ph\u00e9nom\u00e8nes subtils o\u00f9 la magnitude absolue du changement v\u00e9hicule un sens biologique ou psychologique critique.<\/p>\n<p>En second lieu, le test de Wilcoxon est un test univari\u00e9 strict, incapable d&rsquo;ajuster pour des covariables continues ou cat\u00e9gorielles. Si l&rsquo;amplitude du changement pr\u00e9-post est confondue par des facteurs parasites externes (tels que l&rsquo;\u00e2ge des participants, leur niveau de s\u00e9v\u00e9rit\u00e9 initiale, le sexe ou l&rsquo;observance th\u00e9rapeutique), le mod\u00e8le non param\u00e9trique \u00e9l\u00e9mentaire est incapable d&rsquo;isoler l&rsquo;effet th\u00e9rapeutique net par ajustement multivari\u00e9, ouvrant la voie \u00e0 des biais de confusion non contr\u00f4l\u00e9s.<\/p>\n<p>Enfin, le test est structurellement inop\u00e9rant face aux plans factoriels complexes impliquant plusieurs facteurs d&rsquo;interaction (par exemple un plan mixte 2 &times; 2 confrontant un groupe th\u00e9rapie active versus un groupe contr\u00f4le placebo \u00e9valu\u00e9s tous deux en pr\u00e9 et post-test). Vouloir d\u00e9composer ce protocole complexe en de multiples tests de Wilcoxon s\u00e9par\u00e9s constitue une h\u00e9r\u00e9sie m\u00e9thodologique qui d\u00e9cuple le taux d&rsquo;erreur de premi\u00e8re esp\u00e8ce global (inflation de l&rsquo;alpha familial) et interdit l&rsquo;estimation rigoureuse de l&rsquo;effet d&rsquo;interaction crois\u00e9.<\/p>\n<h3>12.3 Paradigmes alternatifs et mod\u00e8les modernes<\/h3>\n<p>Lorsque les donn\u00e9es exp\u00e9rimentales violent \u00e0 la fois les postulats de normalit\u00e9 gaussienne et les restrictions du test univari\u00e9 de Wilcoxon, l&rsquo;analyste moderne peut mobiliser des architectures statistiques contemporaines beaucoup plus flexibles :<\/p>\n<p>Les <strong>Mod\u00e8les Lin\u00e9aires Mixtes (LMM)<\/strong> et les <strong>Mod\u00e8les Mixtes G\u00e9n\u00e9ralis\u00e9s (GLMM)<\/strong> repr\u00e9sentent l&rsquo;alternative de r\u00e9f\u00e9rence pr\u00e9dominante. Impl\u00e9ment\u00e9s sous R via les packages <code>lme4<\/code> ou <code>glmmTMB<\/code>, ces mod\u00e8les int\u00e8grent des effets al\u00e9atoires sp\u00e9cifiques par sujet pour capter la corr\u00e9lation intra-individuelle tout en permettant de mod\u00e9liser des distributions non gaussiennes de la famille exponentielle (distributions gamma pour les variables positives asym\u00e9triques, binomiales n\u00e9gatives pour les donn\u00e9es de comptage avec surdispersion). De surcro\u00eet, ils g\u00e8rent avec une tol\u00e9rance optimale les donn\u00e9es manquantes al\u00e9atoires (MAR) sans sacrifier les participants incomplets.<\/p>\n<p>La <strong>r\u00e9gression quantile pour mesures r\u00e9p\u00e9t\u00e9es<\/strong> offre une approche remarquable lorsque l&rsquo;objectif scientifique cible sp\u00e9cifiquement l&rsquo;\u00e9volution de quantiles d&rsquo;int\u00e9r\u00eat (par exemple, mod\u00e9liser le 10<sup>e<\/sup> percentile ou le 90<sup>e<\/sup> percentile des scores d&rsquo;anxi\u00e9t\u00e9 pour cibler les patients les plus s\u00e9v\u00e8rement atteints). Le package <code>lqmm<\/code> permet d&rsquo;estimer ces r\u00e9gressions quantiles conditionnelles avec effets al\u00e9atoires intra-sujets sans aucun postulat distributionnel de normalit\u00e9.<\/p>\n<p>Enfin, dans le champ strictement non param\u00e9trique multidimensionnel, l&rsquo;\u00e9cole statistique d&rsquo;Edgar Brunner a d\u00e9velopp\u00e9 une m\u00e9thodologie d&rsquo;avant-garde : l&rsquo;analyse non param\u00e9trique des plans longitudinaux \u00e0 mesures r\u00e9p\u00e9t\u00e9es. Cette approche, disponible dans les packages R sp\u00e9cialis\u00e9s <code>nparLD<\/code> (<em>Nonparametric Analysis of Longitudinal Data<\/em>) et <code>rankFD<\/code>, permet de tester des effets principaux et des interactions factorielles complexes sur des rangs relatifs sans jamais formuler d&rsquo;hypoth\u00e8se param\u00e9trique, constituant le prolongement moderne le plus abouti et rigoureux du travail pionnier initi\u00e9 par Frank Wilcoxon en 1945.<\/p>\n<h2>R\u00e9f\u00e9rences<\/h2>\n<ul>\n<li>Brunner, E., Domhof, S., &amp; Langer, F. (2002). <em>Nonparametric analysis of longitudinal data in factorial experiments<\/em>. John Wiley &amp; Sons.<\/li>\n<li>Cohen, J. (1988). <em>Statistical power analysis for the behavioral sciences<\/em> (2nd ed.). Lawrence Erlbaum Associates.<\/li>\n<li>Hothorn, T., Hornik, K., van de Wiel, M. A., &amp; Zeileis, A. (2006). A Lego system for conditional inference. <em>The American Statistician<\/em>, 60(3), 257\u2013263. <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/doi.org\/10.1198\/000313006X118430\">https:\/\/doi.org\/10.1198\/000313006X118430<\/a><\/li>\n<li>Kassambara, A. (2023). <em>rstatix: Pipe-Friendly Framework for Basic Statistical Tests<\/em> (R package version 0.7.2). <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/CRAN.R-project.org\/package=rstatix\">https:\/\/CRAN.R-project.org\/package=rstatix<\/a><\/li>\n<li>Kerby, D. S. (2014). The simple difference formula: An approach to teaching nonparametric correlation. <em>Comprehensive Psychology<\/em>, 3, Article 1. <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/doi.org\/10.2466\/11.IT.3.1\">https:\/\/doi.org\/10.2466\/11.IT.3.1<\/a><\/li>\n<li>Pratt, J. W. (1959). Remarks on zeros and ties in the Wilcoxon signed rank procedures. <em>Journal of the American Statistical Association<\/em>, 54(287), 655\u2013667. <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/doi.org\/10.1080\/01621459.1959.10501526\">https:\/\/doi.org\/10.1080\/01621459.1959.10501526<\/a><\/li>\n<li>R Core Team. (2024). <em>R: A language and environment for statistical computing<\/em>. R Foundation for Statistical Computing. <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/www.R-project.org\/\">https:\/\/www.R-project.org\/<\/a><\/li>\n<li>Rosenthal, R. (1991). <em>Meta-analytic procedures for social research<\/em> (Rev. ed.). SAGE Publications. <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/doi.org\/10.4135\/9781412984997\">https:\/\/doi.org\/10.4135\/9781412984997<\/a><\/li>\n<li>Stevens, S. S. (1946). On the theory of scales of measurement. <em>Science<\/em>, 103(2684), 677\u2013680. <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/doi.org\/10.1126\/science.103.2684.677\">https:\/\/doi.org\/10.1126\/science.103.2684.677<\/a><\/li>\n<li>Wilcoxon, F. (1945). Individual comparisons by ranking methods. <em>Biometrics Bulletin<\/em>, 1(6), 80\u201383. <a rel=\"noopener noreferrer\" href=\"https:\/\/doi.org\/10.2307\/3001968\">https:\/\/doi.org\/10.2307\/3001968<\/a><\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Guide acad\u00e9mique complet pour ma\u00eetriser et ex\u00e9cuter le test des rangs sign\u00e9s de Wilcoxon dans R : th\u00e9orie, hypoth\u00e8ses, code pas-\u00e0-pas et normes APA.<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"closed","template":"","categories":[2193,2,1838],"tags":[2287,16,4187,2217,2286],"class_list":["post-2104","psych_stat","type-psych_stat","status-publish","hentry","category-programmation-r","category-psychometrie","category-statistiques","tag-echantillons-apparies","tag-psychometrie","tag-rstats","tag-statistiques-non-parametriques","tag-wilcoxon"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/psych_stat\/2104","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/psych_stat"}],"about":[{"href":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/psych_stat"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=2104"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/psych_stat\/2104\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=2104"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=2104"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/french.arabpsychology.com\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=2104"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}